首届中国计算蛋白质组学研讨会在计算所召开

2010-11-25 16:32 来源: 中国科学院
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会议现场

  11月10日,中科院计算技术研究所前瞻研究实验室生物信息学研究组主办的“首届中国计算蛋白质组学研讨会”在计算所开幕。

  “计算蛋白质组学”是生物信息学中一个新的研究方向,其最基本的内容是蛋白质序列、结构和功能的规模化研究,一个简明的定义是“系统生物学的高通量分析”。美国、欧洲自2005年以来相继举办多次计算蛋白质组学研讨会,生物信息学最重要的国际会议之一RECOMB在2006、2010举办计算蛋白质组学卫星会议之后,决定在2011年继续举办这一会议。因此,计算蛋白质组学研讨会即将成为国际学术年会。国际学术期刊自2007年开始出现计算蛋白质组学综述文章,2008年两大学术期刊分别出版计算蛋白质组学专刊,标志着国际学术界对于计算蛋白质组学这一研究方向的重要性形成共识。

  虽然我国的蛋白质组学研究与国际保持同步,但是国内学术界对于计算蛋白质组学的认识相对滞后。计算所的计算蛋白质组学研究在国内起步较早,2002年就开展了以质谱鉴定为主要内容的计算蛋白质组学研究,2006年在《中国科学》发表了国内第一篇计算蛋白质组学的综述,特别是2007年合并组建新的生物信息学研究组之后,确立了以计算蛋白质组学为主攻方向,从序列-结构-功能三个方面开展研究,推出了蛋白质质谱鉴定系统pFind、蛋白质三维结构预测新算法FALCON、蛋白质冷冻电镜三维重构系统ParaEMAN、生物信息学数据库NONCODE,连续三年在生物信息学最重要的两大国际会议RECOMB和ISMB发表了文章,并在Trends in Genetics、Molecular & Cellular Proteomics、Nucleic Acids Research、Journal of Proteome Research、Bioinformatics、BMC Bioinformatics、BMC Systems Biology、BMC Genomics等重要的国际期刊发表多篇文章。

  为了推动计算蛋白质组学在中国的发展,生物信息学研究组倡议举办首届中国计算蛋白质组学研讨会。多年来相识的新老朋友,包括上海生科院曾嵘团队、上海生物信息中心李亦学团队、北京蛋白质组研究中心贺福初团队、北京生命科学研究所董梦秋团队、复旦大学杨芃原团队、华大基因刘斯奇团队、中科院大连化物所邹汉法团队、暨南大学何庆瑜团队、协和医科大学高友鹤团队、清华大学张学工团队积极响应,大力支持,促成了本次研讨会的开幕。

  本次研讨会实际注册参会人数136人,涵盖我国14个省、直辖市、特别行政区,还包括美国和加拿大4人;共有26个邀请学术报告,全国从事计算蛋白质组学相关研究的主要单位都作了报告,比较全面地反映了我国计算蛋白质组学的研究水平。本次研讨会有三大特点。第一个特点,是“水军”和“陆军”面对面。学术界把生化实验称为“湿实验”,相应地把计算分析称为“干实验”,因此我们把相应的研究人员分别称为“水军”和“陆军”。一般“水军”和“陆军”分别开会,很难见面,造成“水军”有大量数据需要计算分析而找不到“陆军”,“陆军”发明了算法却不知道“水军”是否需要,彼此都很着急。来自加拿大滑铁卢大学的计算蛋白质组学国际知名学者马斌教授特别赞赏本次研讨会为“水军”和“陆军”面对面交流创造了机会。第二个特点,是推出一批新人。计算蛋白质组学是年轻的科学,其研究队伍也具有年轻的特点。本次研讨会特意邀请各团队派出一线年轻的博士们上台作报告,同时特意邀请一些近期刚刚回国、一直没有机会与国内学术界正式见面的青年海归学者与大家见面,意在积极推动国外先进技术和理念在国内传播,推动国内的学术交流和合作研究走向深入。马斌教授很风趣地引用李宗盛的歌《最近比较烦》里面一句歌词“前方看不到岸,后边还有一班天才追赶”来表述自己参会的心情,这既反映了计算蛋白质组学的前沿特点,又反映了国内人才培养的快速步伐。第三个特点,是报告内容新颖。报告比较多的主题包括糖蛋白质鉴定、蛋白质从头测序、蛋白质翻译后修饰分析、蛋白质组定量分析、蛋白质基因组学分析,这都是当前的热点研究,说明国内计算蛋白质组学发展并不落后。来自华中农业大学、长期坚持在国内做研究的张红雨博士的报告告诉听众,有些生物的化石虽然已经丧失DNA等遗传信息,但是却保留有蛋白质,利用蛋白质序列及其非常保守的折叠结构可以判定生物进化中的关键时间点。这是本次研讨会很有趣的一个学术报告。本次研讨会最后由复旦大学杨芃原教授作总结发言,他认为本次计算蛋白质组学研讨会是中国蛋白质组学发展史上的一个里程碑。

  本次研讨会是计算所前瞻研究实验室生物信息学研究组主办的第一个全国性学术会议。会上,贺思敏研究员致开幕词,赵屹、孙瑞祥、付岩、张法、卜东波代表计算所分别就蛋白质基因组学研究、电子转运碎裂质谱图的鉴定、翻译后修饰分析、冷冻电镜三维重构和蛋白质结构预测作了大会报告。此外,袁作飞、迟浩、刘超在会前的两天培训中为全国各地59人分别介绍了pFind、pNovo、pQuant三大软件的原理及其使用方法。会议期间播放了计算所、曙光5000和曙光6000的专题片,并组织专家参观了“超龙一号”计算机原型。会后调查有96.6%的被调查者认为本次研讨会组织精细、接待周到,100%的被调查者希望每年或者每两年举办一次。

  关于本次研讨会更详细的信息,可浏览会议网站:http://cncp2010.ict.ac.cn。会后将通过网站向全国公布所有报告的PPT和视频录像,进一步加强本次研讨会的学术影响力。