DNA测序技术的比较表
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第X代 |
公司 | 平台名称 | 测序方法 | 检测方法 |
大约读长(碱基数) |
优点 | 相对局限性 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 第一代 | ABI/生命技术公司 | 3130xL-3730xL | 桑格-毛细管电泳测序法 | 荧光/光学 | 600-1000 | 高读长，准确度一次性达标率高，能很好处理重复序列和多聚序列 | 通量低；样品制备成本高，使之难以做大量的平行测序 |
| 第一代 | 贝克曼 | GeXP遗传分析系统 | 桑格-毛细管电泳测序法 | 荧光/光学 | 600-1000 | 高读长，准确度一次性达标率高，能很好处理重复序列和多聚序列；易小型化 | 通量低；单个样品的制备成本相对较高 |
| 第二代 | Roche/454 | 基因组测序仪FLX系统 | 焦磷酸测序法 | 光学 | 230-400 | 在第二代中最高读长；比第一代的测序通量大 | 样品制备较难；难于处理重复和同种碱基多聚区域；试剂冲洗带来错误累积；仪器昂贵 |
| 第二代 | Illumina | HiSeq2000,HiSeq2500/MiSeq | 可逆链终止物和合成测序法 | 荧光/光学 | 2x150 | 很高测序通量 | 仪器昂贵；用于数据删节和分析的费用很高 |
| 第二代 | ABI/Solid | 5500xlSolid系统 | 连接测序法 | 荧光/光学 | 25-35 | 很高测序通量；在广为接受的几种第二代平台中，所要拼接出人类基因组的试剂成本最低 | 测序运行时间长；读长短，造成成本高，数据分析困难和基因组拼接困难；仪器昂贵 |
| 第二代 | 赫利克斯 | Heliscope | 单分子合成测序法 | 荧光/光学 | 25-30 | 高通量；在第二代中属于单分子性质的测序技术 | 读长短，推高了测序成本，降低了基因组拼接的质量；仪器非常昂贵 |
| 第三代 | 太平洋生物科学公司 | PacBio RS | 实时单分子DNA测序 | 荧光/光学 | ~1000 | 高平均读长，比第一代的测序时间降低；不需要扩增；最长单个读长接近3000碱基 | 并不能高效地将DNA聚合酶加到测序阵列中；准确性一次性达标的机会低（81-83%）；DNA聚合酶在阵列中降解；总体上每个碱基测序成本高（仪器昂贵）； |
| 第三代 | 全基因组学公司 | GeXP遗传分析系统 | 复合探针锚杂交和连接技术 | 荧光/光学 | 10 | 在第三代中通量最高；在所有测序技术中，用于拼接一个人基因组的试剂成本最低；每个测序步骤独立，使错误的累积变得最低 | 低读长； 模板制备妨碍长重复序列区域测序；样品制备费事；尚无商业化供应的仪器 |
| 第三代 | Ion Torrent/生命技术公司 | 个人基因组测序仪（PGM） | 合成测序法 | 以离子敏感场效应晶体管检测pH值变化 | 100-200 | 对核酸碱基的掺入可直接测定；在自然条件下进行DNA合成（不需要使用修饰过的碱基） | 一步步的洗脱过程可导致错误累积；阅读高重复和同种多聚序列时有潜在困难； |
| 第三代 | 牛津纳米孔公司 | gridION |
纳米孔外切酶测序 |
电流 | 尚未定量 |
有潜力达到高读长；可以成本生产纳米孔；无需荧光标记或光学手段 |
切断的核苷酸可能被读错方向；难于生产出带多重平行孔的装置 |
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