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显著降低蛋白质样品的复杂度

2012.10.21

　　蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。由于基因表达往往是通过基因的转录、表达产生一个蛋白质前体，在此基础上再进行加工、修饰，才成为一个具有生物活性的蛋白质，所以同样的一个基因在不同条件、不同时间和空间可能不只有一种相应的蛋白质，可能会有几种，甚至几十种对应的蛋白质存在。正是蛋白质样品的这种高复杂度和不同蛋白浓度的高差异性，使蛋白质组学研究面临着挑战。

　　所以，如果能有一种技术，显著降低蛋白质样品的复杂程度，将大大提高蛋白质组学研究的效率。而Agilent 3100 OFFGEL等电聚焦分离仪正是这样一款仪器，它能显著降低蛋白质样品复杂度，提高后续分析的灵敏度及分辨率。

　　3100 OFFGEL的技术原理

　　基于等电点在液相环境下分级分离蛋白质或多肽，即蛋白或多肽样品置于IPG(固化PH梯度)胶条上方间隔中(内含缓冲液)，在电场作用下，样品在IPG胶条中迁移，逐步等电分离，最终样品保留在上层缓冲液中，可方便的取样进行下一步实验。

　　如图，实验之前，蛋白或多肽样品直接加到缓冲液中，免去了样品溶入IPG胶条的步骤;

　　实验结束后，样品保留在溶液中，避免了割胶回收的步骤。

　　Agilent 3100 OFFGEL的主要作用

　　在蛋白质组学实验中，Agilent 3100 OFFGEL主要用于对蛋白样品进行基于等电点的预分离，显著降低蛋白样品的复杂度，提高下游检测的灵敏度。蛋白组学研究的三大支撑技术：双向电泳、质谱和计算机图像分析与大规模数据处理技术，后两种技术都可以和Agilent 3100 OFFGEL配合使用，对样品实现预分离。根据所用试剂盒可达到pH 0.1C0.6的分辨率，而且溶液中的分离成分回收，方便了LC/MS分析。

　　3100 OFFGEL如何配合LC-MS/MS使用?

　　一般的LC/MS工作流程是:生物样品(细胞、血浆、血清、体液等)裂解――蛋白提取――胰酶消化成肽段(根据需要进行冻干、用甲酸重溶解、纯化等步骤)――3100 OFFGEL(约20h)――液相回收多肽――脱盐――冻干――用甲酸重溶解――上LC-MS――获得的肽段与数据库对比，鉴定肽段(注：1. 蛋白提取后，可以不用胰酶消化，直接上样，相对肽段样品来说回收率低，灵敏度也低;2. 在冻干前是否需要脱盐取决于LC-MS是否有在线脱盐功能)。

　　3100 OFFGEL的优势有哪些?

　　1、3100 OFFGEL 可以显著提高MS分析的蛋白检出率