马里兰大学获FDA合同 通过两种NGS技术测序病原体

2014-4-03 13:46 来源: 生物通
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  美国马里兰大学医学院基因组科学研究所(IGS)近日获得美国FDA的一份研究项目合同,利用两种高通量测序技术对细菌病原体进行测序、组装和注释,以支持公共参考数据库的扩展。

  据介绍,这个项目将持续两年,目标是产生序列草图,让其他研究人员能够用来开发和评估基于NGS的体外诊断,以鉴定病原体。

  根据这项合同,IGS基因组资源中心的研究人员将利用两种高通量测序平台,Illumina和Pacific Biosciences,以及多种基因组组装软件包和组装QA/QC pipeline,来组装和验证所产生的基因组序列草图。

  Illumina测序仪是目前市场上使用最广泛的测序平台,通量高,准确性好,但读长不太给力。 PacBio RS II测序仪经过升级,平均读长达5,000 bp,最长读长超过20,000 bp。研究人员认为,通过使用这两种互补的测序平台,他们能够交叉验证共有序列,带来有可能最高的序列准确性。

  IGS认为,在鉴定微生物时,高通量测序技术的不断开发将对人类医疗保健、生物威胁响应、食品安全及其他方面有着重要的影响。开发一个全面的微生物基因组序列数据库将作为一个宝贵的参考,可评估基于高通量测序的诊断设备。这个数据库中将添加注释好的基因组序列,让人们确认体外微生物病原体鉴定的结果。

  IGS基因组资源中心将承担该项目的测序和分析。这是个前沿的基因组测序和分析中心,在微生物基因组研究上有着悠久的历史,近五年来,它已经测序并分析了5,000多种微生物的基因组序列。该中心由科学主管Luke Tallon和行政主管Lisa Sadzewicz领导。

  Tallon表示:“我们很高兴能够将我们在基因组测序和分析上的专业知识贡献给FDA的这一重要项目。”Sadzewicz在接受采访时表示:“具体而言,我们的项目是帮助扩展微生物基因组序列及相关元数据的数据库,这个数据库可作为参考,以评估基于测序的新型检测和设备。”

  IGS的主任Claire Fraser博士则认为:“这个数据库将是科学界和医疗诊断界的重要参考。自我们研究所2007年成立以来,我们已经与联邦机构和全球的科研伙伴合作,测序和分析了大量的细菌病原体,我们很高兴能够与FDA一起开发这个参考数据库。”