将测序得到的原始数据首先通过SeqClean软件与UniVec数据库进行比对后,去除接头等序列,然后设置严格的过滤标准去除低质量reads。如果一条read中30%的碱基质量值小于Q20或者该read长度小于50bp,则会被过滤掉。经过以上数据处理,共得到1683,455条有效reads,有效数据(clean data)占原始数据(raw data)的比例为83%。...
基于严格的数据质控标准,GEN审编来自GSA、GEO、ENA和DRA数据库的高质量原始转录组测序数据和详细元数据信息,并利用自主搭建的标准化流程分析处理相应数据,为用户提供包括基因/转录本表达、环形RNA表达、RNA选择性剪接和RNA编辑四个层面的转录图谱。...
基于严格的数据质控标准,GEN审编来自GSA、GEO、ENA和DRA数据库的高质量原始转录组测序数据和详细元数据信息,并利用自主搭建的标准化流程分析处理相应数据,为用户提供包括基因/转录本表达、环形RNA表达、RNA选择性剪接和RNA编辑四个层面的转录图谱。...
在C分析流程中,第一步是比对读长(这一步的工具通常是TopHat,虽然有些分析方法也会用STAR与HISAT),接头使用CuffLinks来处理原始读长,再然后是使用CuffDiff2包来输出转录本丰度的估计值,以及一个差异表达基因或转录本的列表。...
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