互作转录组测序

物种间存在广泛的相互作用，包括寄生、共生、竞争等，而普通的转录组只能研究单一物种的信息，不仅浪费一部分数据，而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。

互作转录组（Dual RNA-seq），无需分离互做物种，避免分离造成的干扰，只需构建一个转录组文库，便能同时对2个（或多个）物种进行测序和分析，从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时，还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系，得到两物种间的相互作用机制。

该技术适用于研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制；研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。

分析流程

技术优势

• 丰富的项目经验，组装和注释全方位分析基因表达水平和结构信息；

• 1对1项目服务，直接对接生信分析师，没有中间环节，沟通更高效；

• 多种个性化分析方案，全方位满足研究需要，助力科研成功。

送样要求

• RNA总量：RNA总量≥2ug；

• RNA纯度：OD260/280在1.8-2.0之间，核酸完整无降解。

各样品reads在unigene上覆盖情况的IGV展示图

表达量( FPKM scores )分布图

样品间聚类结果

差异基因可视化散点图及火山图

上下调差异基因GO注释柱形图

 
KEGG富集图

 
表达差异基因聚类图

 
WGCNA共表达网络分析

 
蛋白网络构建及分析(PPI)


 

宿主-病原菌互作模型（使用 FCM 方法对差异基因聚类图）

宿主病原体互作网络图

1. Investigation of yellow horn (Xanthoceras sorbifolia Bunge) transcriptome in response to different abiotic stresses: a comparative RNA-Seq study.RSC Advances (IF=3.049),2020.

2. Transcriptome Analysis of Ice Plant Growth-Promoting Endophytic Bacterium Halomonas sp. Strain MC1 to Identify the Genes Involved in Salt Tolerance. Microorganisms(IF=4.167), 2020.

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途