单细胞qRT-PCR是在单细胞水平上对基因的表达进行实时定量分析的技术。常规的qRT-PCR所得结果是数以百万计的细胞的平均水平，只能说明基因在一个细胞群中大致的表达情况。由于细胞的异质性，相同组织的单个细胞实际上可能彼此不同，并扮演不同的角色。单细胞qRT-PCR技术不仅避免了组织水平分析时造成的异质细胞干扰,使得基因表达研究更加精细、准确，而且还能够检测导致细胞分型甚至细胞间惟一差别的表达特征，因而获得了极大关注。

    单细胞qRT-PCR技术为从单核苷酸水平深入研究癌症发生、发展机制及其诊断、治疗提供了新的研究思路并开辟了新的研究方向。近年来，该方法还被广泛应用于组织器官内细胞基因组的异质性研究、干细胞的异质性研究、以及临床指导的病理研究等各个方面。

实验流程：

    由于单个细胞中的mRNA数量很少,大约只有1 pg左右,因而与常规的RT-PCR相比,单细胞RT-PCR在各个环节上都有着显著差异。常规RT-PCR首先要将组织中的mRNA或总RNA抽提出来之后才能进行后续步骤,单细胞RT-PCR显然无法进行抽提步骤,因而在获取单个细胞后,在适当体积的裂解液中将细胞裂解,然后直接以裂解产物为模板进行RT-PCR。由于没有抽提,裂解产物中含有蛋白质、RNA以及基因组DNA等各种成分,蛋白质因其量极其稀少,可以忽略对单细胞RT-PCR的影响,但裂解产物中的基因组DNA相对于mRNA却有可能造成极大的干扰。避免这一影响有两种处理,一是在进行逆转录之前先用DNAaseⅠ消化基因组DNA,另一种方法就是在设计PCR引物时尽量使引物结合序列跨越相邻外显子的结合处。

参考文献：

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White AK, et al. (2011) High-throughput microfluidic single-cell RT-qPCR.Proc Natl Acad Sci USA.108(34):13999-4004.

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