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北京阅微基因技术有限公司
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| 参考报价： | 面议 | 型号： | 长链非编码RNA测序/LncRNA测序 |
| 品牌： | 阅微基因 | 产地： | 北京 |
| 关注度： | 6 | 信息完整度： |  |
| 样本： | 典型用户： | 暂无 |
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长链非编码RNA（Long non-coding RNAs, lncRNA）是一类长度超过200 nt且少有或不具有蛋白质编码潜能的复杂RNA，以带有polyA尾和不带有polyA尾两种形式广泛的存在于各类生物体内。lncRNA可以与DNA，RNA或蛋白质结合，在表观修饰上，转录过程前后等多种水平调控基因的表达，并具有跨物种的低保守性、组织特异性和丰度低等特点。近年来对于lncRNA的研究广泛涉及了人类疾病，农业生产和基础研究等，但仍有绝大部分的lncRNA与其功能尚不清晰。
lncRNAs测序可采用去除rRNA的方法进行建库，采用高通量测序技术并依托强大的生物信息分析平台，对于样品内全部已知或未知的lncRNA进行全面、深入的研究，揭示其在疾病或特定生物学过程中的功能。
| 测序策略： | PE150 |
| 建议数据量： | 10G 以上 |
| 组织 | 500mg新鲜植物样本，300mg新鲜动物样本（注: 肿瘤组织优先选择RNAlater保存） |
| 细胞 | >5*106悬浮/贴壁细胞 |
| 血液 | >3ml全血/全血分离的有核细胞 |
| RNA总量 | >3μg，浓度 >50ng/μl, RIN值>6.5 |
| 对于较难进行取材的医学类样品，可以适当降低样本标准。 | |
LncRNA测序生物信息学分析流程
| 常规分析 | 高级分析 |
测序数据质控分析 高质量序列与参考基因组比对 已知mRNA鉴定 mRNA表达谱分析 已知lncRNA鉴定 LncRNA表达谱分析 预测新lncRNA 新LncRNA的功能预测 新lncRNA二级结构预测及表达谱分析 样本间mRNA差异表达分析(有重复样本) 样本间lncRNA差异表达分析(有重复样本) 差异基因的GO分类和KEGG富集分析(有重复样本) | 时间序列的差异表达分析 LncRNA与mRNA关联分析及共表达网络构建 个性化定制分析 |
陆川猪（肥）与杜洛克猪（瘦）组织中lncRNAs与脂肪代谢之间的关系
本研究对陆川猪和杜洛克猪两个品种的三种不同器官—肝脏，肌肉和脂肪组织中的lncRNAs分别进行了高通量测序。对测序数据进行分析后，共得出了4,868个lncRNA转录本（其中包含了3,235个新的lncRNA转录本）和8,843个mRNA转录本，这些lncRNAs的表达具备组织特异性。对各组织表达的lncRNA进行差异表达分析、聚类分析和靶基因预测分析等，从差异性最大的脂肪组织中选取了794个潜在的靶基因，通过分析和预测，发现这些靶基因参与226个信号通路作用，其中包括脂肪因子的信号通路，Pl3K-AKT信号通路和钙离子信号通路。通过筛选得知，差异表达的lncRNAs和mRNAs可被定位到13个数量性状的位点上，包括65个QTL_ID。 通过筛选，被定位在两个对脂肪堆积最为显著的QTL_ID的lncRNA与基因ELOVL6和STEAP4共表达。最后，采用qRT-PCR对lncRNA和mRNA的共表达进行了验证，阐述了lncRNA在相同的QTL_ID与mRNA共同参与基因表达调控。
Yu, Lin, et al. "Comparative analyses of long non-coding RNA in lean and obese pigs."Oncotarget(2017): 41440.(Impact factor: 5.18)
A. 四种不同的计算方法筛选出共同的4,868个lncRNA
B.分别针对杜洛克猪和陆川猪的肝、肌肉和脂肪组织中的lncRNA聚类分析热图
C.通过测序得到杜洛克猪和陆川猪脂肪组织中差异表达显著的lncRNA的GO分类与富集示意图
利用高通量测序方法对鸡睾丸中不同精子活力相关lncRNAs与mRNAs的研究
精子活力是衡量公鸡生殖力很重要的标准，然而影响公鸡精子活力的基因调控机制尚不清晰。此研究欲探究与精子活力相关的lncRNAs和其相关通路。在此研究中，作者利用lncRNA测序的方法揭示了六只“北京优”公鸡睾丸中mRNA和lncRNA与精子活力的关系。测序结果显示，2,597个鸡睾丸中的lncRNAs被鉴定出来，其中包括了lincRNA，反义lncRNAs，和intronic lncRNAs，在所有lncRNAs中，124个是显著差异表达的。同时，17,690个mRNAs被鉴定出来，其中544个是差异表达的。随后的GO富集分析显示了这些mRNA和lncRNAs与ATP结合、纤毛组装和氧化还原等功能相关。基于生物信息学方法进行lncRNA和mRNA联合分析后，得到10个lncRNA-mRNA共表达关系对及2个lncRNA-mRNA反向调控关系对。除此之外，作者运用qRT-PCR对于共表达的mRNALOC428510和lncRNAMSTRG.408进行验证，进一步的揭示了lncRNA与公鸡的精子活力的相关性。这是首例从基因组的层面上研究lncRNA与鸡睾丸中精子活力关系的研究，为控制和了解公鸡繁殖力提供了重要的参考依据。
Liu, Yifan, et al. "Analyses of Long Non-Coding RNA and mRNA profiling using RNA sequencing in chicken testis with extreme sperm motility."Scientific reports7.1 (2017): 9055.(Impact factor: 4.259)
A. 高精子活力公鸡样本和低精子活力公鸡样本中差异表达的lncRNAs和mRNA聚类热图
B. lncRNA和mRNA表达箱线图，显示lncRNA的总体表达水平低于mRNA
研究现状：
1.阐明lncRNA对邻近的基因的顺式（cis）调控作用或对远距离基因的反式（trans）调控作用；
2.研究lncRNA作为蛋白骨架或分子伴侣参与蛋白质构象与功能的调控，以及招募蛋白质到细胞内的特定位置；
3.lncRNA与疾病的关系，具备很大被开发成疾病标志物的潜力。
研究前沿趋势：
1.lncRNA作为ceRNA的功能机制等；
2.以lncRNA为中心，利用多组学联合分析手法，阐明非编码RNA在生物体内繁杂的调控机制；
3.lncRNA本身可变剪切事件的研究；
4."非编码"lncRNA编码肽段。
为什么要在lncRNA建库的时候采用去除rRNA的方法？
因为lncRNA不同于真核生物的mRNA，在真核生物中，lncRNA可能带有PolyA尾巴，也可能不带有PolyA尾巴。为了保证可以对样本中尽可能全的lncRNA进行分析，所以采用去除核糖体的方法。
lncRNA和mRNA是否可以同时进行分析？
可以，在进行lncRNAs测序的同时，可以同时得到mRNA的信息。
可以对无参物种的lncRNA进行测序分析吗？
可以。对于无参考基因组的lncRNA预测，与分析无参基因组mRNA方法基本一致，只不过会在后续的分析过程排除其编码能力（coding potential）。无参非编码RNA有几种方式去预测：（1）通过寻找近缘已知物种的相似基因组序列作为参考基因组，比如梅花鹿的可以用牛的基因组；（2）使用已有的cDNA序列作为参考基因组，这种方法在植物的研究中比较常见；（3）如果所测参考物种没有相近或者相似的基因组，就需要运用软件基于片段重复区进行直接的de novo拼接，比如trinity，SOAP等软件，同时也要对于coding potential进行筛查。对于无参的lncRNA测序分析，理论上可行，但是相对于有参物种，其分析及预测结果可靠性会有所下降。
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