简化基因组测序2b-RAD-欧易生物

简化基因组测序2b-RAD

2b-RAD技术（Wang et al, Nat. Methods, 2012）是指基于IIB型限制性核酸内切酶的简化基因组测序技术。通过对IIB型内切酶酶切基因组产生的等长tag进行高通量测序，可以大幅降低基因组的复杂度，同时不受有无参考基因组的限制，快速进行全基因组范围内大规模SNP标记的开发与分型。与传统的简化基因组技术RAD-Seq相比，2b-RAD技术获得的标记数目更多、分型准确率更高，可用于高密度遗传图谱构建、QTL定位、全基因组关联分析、群体进化研究、辅助基因组的组装、全基因组选择育种等。

欧易特色
不经过片段大小选择，技术重复度好
具有极强的灵活性，标签数目多少可控
标签长度一致，PCR时具有一致的扩增效率
根据每个客户的研究目标和内容灵活定制研究方案
共显性标记之外还可以开发显性标记
基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML，有效去除重复序列对分型的干扰

推荐测序模式
●  Hiseq X-Ten, PE150    ●  4 M reads/1 G基因组大小

案例展示
案例一   白灵菇遗传图谱的构建和基因组组装

研究背景

白灵菇是一种可商业栽培的蘑菇品种，越来越受到中国和其他亚洲国家的欢迎。但是由于其产量低、栽培时间长和对病害敏感等问题，导致白灵菇的商业利润非常低。因此，提高白灵菇的重要农艺性状是当前育种工作所需要的。分子标记辅助育种尚未应用到白灵菇，遗传图谱和物理图谱的构建，是遗传育种和分子标记技术的基础，能够大大加速育种工作进程。

研究内容

欧易生物携手中国农业科学院农业资源与农业区划研究所，采用2b-RAD技术对来源于白灵菇杂交菌株（H6PA X H6PB）的115个单核菌株进行遗传图谱的构建；然后对1株单核菌株进行de novo测序，将基因组scaffolds和遗传图谱相结合，辅助基因组scaffolds的拼接。最后，本研究对交配型位点A和B进行了鉴定。

研究结果
1.平均每个样本获得1.1M高质量reads，平均测序深度49X，共获得1770个SNP标记，其中1711个SNP标记用于构建遗传图谱。遗传图谱共包括12个连锁群，1182个标记，图谱总长度为1073 cM，标记平均间隔1.0 cM。
2.白灵菇单核菌株489P1进行de novo测序（Hiseq2500, PE125），共获得500个scaffolds（≥500bp），组装基因组大小为40.83Mb，GC含量50.22%，与杏鲍菇基因组共线性高。
3.遗传图谱上的1151个SNP标记（97.4%）可以定位到78个scaffolds，覆盖整个白灵菇基因组的83.1%（33.9Mb），绝大多数SNP与物理图谱的共线性良好。
4.交配型位点A和B分别位于不同的连锁群，并在白灵菇基因组上被鉴定到。交配型B位点的5个可能的信息素受体和2个可能的信息素前体也被检测到。
5.这是白灵菇第一个遗传图谱与基因组de novo测序整合的研究，为白灵菇的分子育种工作提供了基础。

参考文献
Gao W, Qu J, Zhang J, et al. A genetic linkage map of Pleurotus tuoliensis integrated with physical mapping of the de novo sequenced genome and the mating type loci. BMC Genomics 2018; 19(1): 18-31. (IF: 3.729)

简化基因组测序2b-RAD-欧易生物信息由上海欧易生物医学科技有限公司 为您提供，如您想了解更多关于简化基因组测序2b-RAD-欧易生物报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途