NSAM-04：基因组注释-非编码RNA分析

本方案将对一些重要的非编基因进行注释，包括：miRNA、tRNA、snoRNA。针对功能重要的miRNA和snoRNA，在没有直接RNA数据的情况下，我们将适当选择非编码基因数据库，采用同源方法其基因进行注释。

（1）鉴定miRNA

鉴于miRNA在结构上的显著特点，对于miRNA的预测将分为两个部分，分别为同源搜索的方法以及比较基因组与RNA二级结构结合分析的方法。同源搜索的方法主要以miRbase中发布的前体miRNA序列进行搜索。我们采用的算法考虑：1.miRNA在结构上需要形成一个70～100nt的前体；2.在相似的物种中，miRNA是很保守的,并在在相距较远的物种间，允许miRNA存在分歧，分析内容包括以下3个步骤：1.寻找基因间的保守的序列；2.通过mfold辨认此序列是否能形成保守的茎环结构并打分；3.评价miRNA在不同物种中的分歧模式。 

 

（2）鉴定snoRNA与鉴定tRNA

核仁小分子RNA(snoRNA)是一类广泛分布于真核生物细胞核仁的小分子非编码RNA，具有保守的结构元件，并以此划分为3大类：boxC/DsnoRNA、boxH/ACAsnoRNA和MRPRNA。其中boxC/D和boxH/ACA是已知snoRNA的主要类型，以碱基配对的方式分别指导着核糖体RNA的甲基化和假尿嘧***化修饰。研究发现，snoRNA除了在核糖体RNA的生物合成中发挥作用之外，还能够指导snRNA、tRNA和mRNA的转录后修饰。此外，还有相当数量的snoRNA功能不明，被称为孤儿snoRNA(orphansnoRNA)。

图例: snoRNA的结构和功能模型

de novo 基因组测序

基因组从头测序（de novo sequencing）是不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究，为后续研究物种起源进化及特定环境适应性奠定基础。为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。BioGenius利用新一代高通量测序技术(NGS)，并可联同单分子测序平台(Bionano)高效地完成所有物种的基因组序列图谱。

 



更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/products/genomics/denovogenome/analysis/15.html


 

Big Data , Big Idea !    
惠研生物，提供领先的生物大数据解决方案！

• 全基因组测序/外显子组, 转录组等项目共计 完成近万个样本的测序与分析服务
• 累计协助客户发表权威SCI论文总IF超过 160分
• 512核心CPU，1T内存 满足大规模并行的，敏捷的数据分析服务;
• 1PB 数据磁盘阵列保证企业级 测序分析结果存储的安全稳定

官方网站：www.biogenius.cn 
咨询热线：400-016-9606 / 180-1908-2932 
官方微信： 微信公众平台搜索 “惠研生物”  
官方QQ： 1744353207 
咨询邮箱： service@biogenius.cn

NSAM-04 基因组注释-非编码RNA分析信息由上海惠研生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于NSAM-04 基因组注释-非编码RNA分析报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途