SSAM-12：microRNA 与多组学数据整合分析

对于复杂性状研究而言，基因功能会受到基因拷贝数copy number (CN)，甲基化（methylation）和miRNA的综合影响。本方案可通过circos图可视化方式分析整合来自基因组，表观组以及转录组多层次的大数据信息。其中，miRNA与调控靶基因关系可用边的形式建立联系（内圈弧），同时靶基因的CN拷贝数（内层第一层histogram图），以及甲基化状态（内层第二层histogram图）。染色体臂外侧可展示收到miRNA调控的基因名称，拷贝数相关基因与甲基化相关基因名称。 

 

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MicroRNA(miRNA)是具有调控基因表达功能的非编码RNA，通常长度为~22nt，在基因表达的转录后调控水平发挥重要功能。成熟的miRNA是从较长的具有局部颈环解结构(stemloop-hairpin)的RNA序列加工而成。miRNA的生物产生机制途径zei先发生与细胞核中的RNaseIII酶Drosha对pri-miRNA的颈环处碱基进行剪切，并生成~70-90bp的pre-miRNA发卡结构。pre-miRNA被转运至细胞质中，进一步由Dicer（RNaseIIIendonuclease）加工。Dicer识别双链RNA靠近颈环处的碱基并分离双链，产生两条单链，而其中一条链成为miRNA而互不的那条链则被降解。成熟miRNA序列一旦被释放生成，它将与mRNA的3’UTR的局部序列互补配对，并通过降解mRNA和抑制mRNA翻译而达到调控基因表达的目的。

miRNA是一类重要的基因表达调控因子，通常主要参与靶基因翻译的抑制过程，同时zei近研究也表明miRNA在哺乳动物细胞系统中的主要功能是降低靶基因mRNA的水平。每种保守的哺乳动物的miRNA都调控着数百个不同的靶基因，显示出调控系统的复杂性和系统性。因此，miRNA现在被认为是与转录因子同样重要的调控细胞蛋白质成分的重要分子。同样的，miRNA基因也受到精确的转录调节，并与后续的靶基因作用形成跟完整和系统的分子作用网络。 
 

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