NSAM-05 基因组注释-转座元件与复重序列

从原核生物到真核生物,其基因组中的重复序列呈递增趋势。重复序列的作用也被各种实验所揭示。各种重复序列的类型与它在染色体上的分布密切相关。重复序列影响着生命的进化、遗传、变异;同时它对基因表达、转录调控、染色体的构建以及生理代谢都起着不可或缺的作用。它们的功能及演化也正在被逐步阐明。座子很可能作为同源重组的位置而影响邻近DNA序列，进而对进化产生重要影响。我们将对拼接的基因组存在重复片段，包括转座子和反转录子，其他重复片段进化预测和分类统计。

转座子（Transposon）

转座子是一类DNA序列，它们能够在基因组中通过转录和逆转录，或在内切酶（Nuclease）的作用下，在其他基因座上出现。转座子的发现证明了基因组并不是一个静态的集合，而是一个不断在改变自身构成的动态有机体。根据转座子“跳跃”方式的不同，转座子被分为I型和II型转座子。 

 

反转录转座子(retrotransposon)

反转录转座子(retrotransposon)或返座元(retroposon)，是由RNA介导转座的转座子的元件，在结构和复制上与反转录病毒(retrovirus)类似，只是没有病毒感染必须的env基因，它通过转录合成mRNA，再逆转录合成新的元件整合到基因组中完成转座，每转座1次拷贝数就会增加1份，可以增强自己的基因组。转录转座子可以分成两大类：

一类是LTR反转录转座子，包括Tyl-copia类和Ty3-gypsy类转座子，是具有长末端重复序列(longterminalrepeats，LTR)的转座子，这也是反转录病毒基因组的特征性结构，

另一类是非LTR反转录转座子（通常其中一端富A或T），包括LINE(longinterspersednuclearelements，长散在核重复序列)类、SINE(Shortinterspersednuclearelements，短散在核重复序列)类、复合SINE转座子类，没有长末端重复序列(non-longterminalrepeats，non-LTR)，自身也没有转座酶或整合酶的编码能力，需要在细胞内已有的酶系统作用下进行转座。

非LTR反转录转座子非LTR反转录转座子，包括LINE(longinterspersednuclearelements，长散在核重复序列)类、SINE(Shortinterspersednuclearelements，短散在核重复序列)类、复合SINE转座子类综上所述，本方案对转座元件和重复序列特征对基因组进行扫描统计。然后通过近缘物种的比较，对重复序列进行对比分析。

de novo 基因组测序

基因组从头测序（de novo sequencing）是不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究，为后续研究物种起源进化及特定环境适应性奠定基础。为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。BioGenius利用新一代高通量测序技术(NGS)，并可联同单分子测序平台(Bionano)高效地完成所有物种的基因组序列图谱。

 



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