一、产品简介

超微量MeRIP-seq（Methylated RNA immunoprecipitation with next generation sequencing,甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序技术）是在转录组层面研究细胞内mRNA以及LncRNA的甲基化，即m6A（腺嘌呤N6位甲基化）定位的技术。
其基本原理直接针对total RNA进行m6A抗体富集，利用残留的rRNA增加建库RNA起始量，并使用UMI 超低起始量建库方式建库，之后剔除rRNA，二次扩增获得最终的文库。经过测序后，测序数据可以在整个转录组层面揭示RNA甲基化—这种转录后RNA表观修饰的定位，整体状况等信息。


二、项目流程

上图：文库构建流程


上图：实验分析流程

三、康测科技技术优势总结

1.超低建库起始量，样品准备不再难：建库起始量降低一个数量级，只需要1ug或106个细胞即可建库，样品准备更轻松；使用Novaseq测序，推荐数据量10G，完整项目周期为50个工作日。
2.数字标签还原真实，避免失真结果。
3.设置Input对照，去除背景干扰。
4.丰富项目积累，无惧困难挑战：康测科技已完成上百个IP（ChIP、RIP、CLIP、MeRIP）项目，积累了动植物、微生物近50个物种的IP经验，涉及各种类型的蛋白，如组蛋白、转录因子、解旋酶、剪接因子等，不惧复杂组织挑战。


四、部分结果展示

 

五、案例解读

RNA甲基化m6A修饰调控造血干/祖细胞分化
脊椎动物造血干/祖细胞（HSPC）来源于生血内皮，通过内皮-造血转换（EHT）在主动脉血管底部产生。敲除RNA甲基转移酶Mettl3造成胚胎造血功能发育受损，EHT被抑制，内皮细胞不能分化为HSPC。Mettl3敲除后，全基因组的m6A水平均下降（MeRIP-seq结果显示，m6A修饰水平下调基因多达4593个，上调仅478个，m6A修饰水平下调的基因可能为Mettl3的调控靶标，GO富集到RNA处理、胚胎发育相关term（图a-d)。
正常和敲除Mettl3的胚胎的内皮细胞进行RNA-seq，检测到Mettl3敲除胚胎中2393个基因表达上调。关联分析RNA-seq和MeRIP-seq结果，在Mettl3潜在靶标中，680个基因表达显著上调，其中Notch1a是上调最显著的基因之一，同时m6A修饰显著下调（图f)，很可能是受m6A调控的HSPC分化关键基因,m6A修饰水平下调，导致m6A介导的mRNA降解途径被抑制、Notch1a表达上调，最终造成造血发育受损。

参考文献：Cui Q, Shi H, Ye P, et al. m6A RNA Methylation Regulates the Self-Renewal and Tumorigenesis of Glioblastoma Stem Cells.[J].Cell Reports, 2017, 18(11):2622.
 

超低起始量Nano UMI MeRIP-seq信息由武汉康测科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于超低起始量Nano UMI MeRIP-seq报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途