高灵敏度、高性价比单细胞 RNA 测序

单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是一种用于对复杂细胞 和组织样本中的基因表达进行无偏差表征的技术。尽管 scRNA-seq 彻底改变了现代生物学，但在技术上仍然具 有挑战性，并且通常成本高昂。目前市场上的解决方案能 够在拥有数万个细胞的初始池时对一小部分细胞进行有 效分析。然而，处理稀有细胞群的 scRNA-seq 文库制备 的简化方案仍然缺失。 在这里，我们开发了一种新型孔板检测法，用于性价比 高且高度 敏 感的 scRNA-seq。该工作流 程 支 持 来自稀 有细胞群的稀有样本文库制备。在此新工作流程中 ( 图 1 )，我 们 使 用 了 DispenCell 和 专用 检 测 吸 头 ( SEED Biosciences，瑞士 )，与专用和优化的单细胞文库制备 系统 ( MERCURIUS 高灵敏度 BRB-seq 试剂盒，Alithea Genomics，瑞士 )。

单细胞分配 

首先，在测序文库制备之前，我们测试了 DispenCell 在 专用裂解缓冲液中分配单细胞的能力。淋巴细胞系从冷 冻的小瓶中解冻，传代两次，然后在单细胞悬浮液中收 获。使 用 10 μm 细 胞 过 滤器 ( Miltenyi Biotec，德 国 ) 过滤细胞，计数并在无 RNAse 的甲基纤维素分配溶液 (DispenMe、SEED Biosciences) 中 稀 释 至 最 终 浓 度 为 2×104 cells/mL。 然 后，使 用 DispenCell 传感吸头从细胞悬浮液中装载 200 个 细 胞。设 置 DispenCell 将单细 胞分配 到 384 孔 板，孔板预装 4.2 μL 裂解缓冲液 ( HS BRB seq 试剂盒， Alithea Genomics )。前 96 个孔 分 配 大 约 7 分钟。然 后，停止分配，因为我们有足够的样品进行下游分析。

单细胞质量控制 

分配 后，我们立即使 用 SEED Biosciences 开发的软件 DispenSoft 进行单细胞质量控制后处理。孔板的每个孔 用颜色编码的矩阵表示 ( 图 2.a)。 当孔中含有单个细胞时，软件将其标记为绿色，而红色 孔中则含有零个或多个细胞，应丢弃。为了区分碎片和细 胞，通过对基于大小的直方图进行门控来设置阈值 ( 图 2.b )。只有高于阈值的峰才算作细胞。

在这里，我们获得了 77 个单细胞孔 ( 80% 单细胞分离 率 )。使用 DispenSoft，原始阻抗数据也可用于记录过 程。可手动检查每个阻抗曲线。单尖峰是单细胞的特征 ( 图 2.c ) 而多个细胞产生多个峰。这表明 DispenCell 能 够以简单、快速和完全可追溯的过程在裂解缓冲液中分 配单细胞。