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中检集团云南公司共设有6个职能部门,分别为:行政管理部、财务部、检验鉴定部、审核部、市场部、客户服务部;4个分公司,分别为:红河分公司、河口分公司、版纳分公司、勐腊分公司。并在检验鉴定部下设了2个办事处,分别为:机场办事处和车站办事处。