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中心设有质量保证部、培训考核部、项目研究部、实验科学部、动物医学部、信息研究部、综合管理部,并根据国际动物福利理念,设立了动物福利与使用管理委员会(IACUC)。同时,广州医工所还设有实验动物饲养繁殖基地、技术中心、保障服务部等配套部门。