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GenBank数据库简介

关键词: 数据库来源: 互联网

1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图谱,分类学浏览器,同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划(CGAP)等数据库。GenBank以指数形式增长,核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。

2. 纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

3. 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

4. 增长统计- 参见公布通知的2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank增长)小节。

5. 公布通知,最新- 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。

6. 公布通知,旧- 同上相同,是过去公布的统计。

7. 遗传密码- 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

向GenBank提交数据:

1. 关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。

2. BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。(请在提交前用VecScreen去除载体)

3. Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于TCP/IP的“network aware”模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。(请在提交前用VecScreen去除载体)

4. ESTs - 表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。

5. GSSs - 基因组调查序列,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。

6. HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。(注意:完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。)

7. STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。

8. 注:SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中(dbSNP)。

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