在发生过程的器官原基，是由上皮组织和间充质所构成，其分化、形态形成、生长是由两组织相互作用来进行的，这种例子，在脊椎动物是很多的，一般称为上皮间充质相互作用。例如对小白鼠胚的颔下腺原基，在上皮和间充质成分分离之后，分别进行培养，结果则任何一方都不能达到形态形成；如果培养时把两者接近，则上皮将形成分枝的囊状体，而间充质形成围绕它的鞘，两者结合成一体，构成唾液腺所特有的胞状腺。在构成相互作用的器官原基中，常常可以看到间充质为作用系而上皮为反应系的关系（小白鼠胚的胰脏、肺、胸腺、乳腺、齿；鸡胚的肺、甲状腺、脑下垂体、羽毛和喙等表皮的派生组织等）。在它们当中，有的上皮仅对来源于其自体的原基的间充质发生特异反应（颔下腺、甲状腺），有的上皮可对来源于各种脏器原基的间充质发生反应（胰脏、胸腺、乳腺、表皮派生组织）。另一方面也有上皮是作用系，而间充质为反应系（小白鼠胚后肾、鸡胚脊椎软骨）。在这些器官原基中，其来自原基的上皮的诱导作用，有的也被脊髓所代替。此外随着发生的进行，也有作用系与反应系，在两组织间互相交替而进行器官形成的。（鸡胚的原肢、后肾、肝脏等）。另外上皮间充质的相互作用，不仅是出现于器官发生过程中，而且在一生中对其器官的形态保持、再生以及损伤的修复起着重要作用。