多细胞动物早期胚胎通过卵裂形成多数细胞，这些细胞呈规则的排列形成上皮样的构造。如此出现的胚层由于原肠期的形态形成活动而引起显著的移动，以至区分为 2或 3层。依相对位置、卵黄含量、细胞大小等为区别的这些层，可各自形成其特定的器官原基，一般把这些层称为胚层。多数场合，区分为外胚层、中胚层和内胚层。外胚层可形成表皮、神经系统、感觉器官等；中胚层可形成肌肉、肾脏和其他许多器官、组织；内胚层可形成消化管及其附属腺。而间充质既可划入中胚层，但也可作单独处理。在古典胚胎学，认为各胚层相互间是独立的，不同动物间的同一胚层是相同的（胚层学说），但对于胚层的相同性在已记载的研究中尤其对中胚层产生了疑义。经过进一步的研究实验证实，脊椎动物和棘皮动物的外胚层与内胚层可以相互转换，特别是对蝾螈的预定外胚层可实验引起分化为中胚层组织和内胚层组织，并且已从组织细胞中分离出能引起中胚层分化的蛋白质，这为胚层的差别并不是绝对的这一点提供了证据。现在，胚层仅仅是被用作记载一定胚区的一时的名称而已。