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非同一般的非编码 small RNA,参与缺氧下的血管生成

关键词: 非编码RNA来源: 伯豪生物

非编码 RNA 是近年来转录组学研究的热点,其中,long non-coding RNA(lncRNA),microRNA,circularRNA 是大家研究的非常多的非编码。其实,在 small non-coding RNAs 世界,除了我们熟知的 microRNA 之外,还包括 piwi-interacting RNAs(piRNAs),small nucleolar RNAs(snoRNAs) 和 transfer RNAs(tRNAs)。

由于血液供应不足引起的缺血损伤会引起缺血组织的生能行使。其中,缺血性中风会引起成人脑缺血而致残或致死。已有研究表明,缺血性中风会伴随血管生成,在缺血诱导几个小时后,血管生成因子的表达会急速提高。这对于缺血后的神经管修复与中风恢复至关重要。因此,在缺血下诱导的血管生成机制研究显得非常重要。

研究表明,miRNAs 在血管内皮细胞和肿瘤细胞中高表达,是血管生成的重要调控因子。另外,PiRNAs 也被参与其中。tRNAs 是一类长度为 73-94nts 的 RNAs,是蛋白合成过程中的重要参与者。此外,tRNAs 也参与细胞沟通,逆转录和目标蛋白降解过程。最近的研究发现,tRNAs 可以在 5』端发生剪切形成一类新的 small RNAs(tRNA halves),而这个剪切过程会受到一些外在胁迫的诱导。该研究中 RNA 测序服务由伯豪生物提供。在缺血诱导下,tRNAs 会发生剪切行为吗?这个过程会一起什么样的生物学现象呢?本研究对这些过程作了一一解答。

研究结果:1 大鼠大脑缺氧后 tRNA 来源的 small RNAs 显着增加为了探究组织局部缺血后引起的 small RNAs 变化,研究人员对大鼠 MACO 模型右脑诱导 24 小时后与对照左侧大脑进行了 small RNAs 高通量测序检测(由上海伯豪提供)。结果显示,在对照组中,大部分的 small RNAs 长度为 20-24nt.而在缺血组中,大部分 small RNAs 长度为 29-34nt.进一步分析表明,缺血组中的大部分(51.6%)的 small RNAs 为 tRNAs 剪切片段。该结果表明,tRNAs 来源 small RNAs 可能在大脑组织缺血时有重要调控作用。

通过与 Genomic tRNA Database 进行比对分析,研究人员发现这部分 small RNAs 来源于 tRNAVal(CAC) 和 tRNAGly(GCC),同时,他们大部分都是由 tRNAs 的 5』端剪切而来,属于 anti-codon loop.这些数据表明,tRNAs 来源 small RNAs 不是随机的由 tRNA 降解而来,而是在缺血条件下的精密调控而来。

接下来,Northern blot 实验也验证了其中上调的 tRNAVal(CAC) 和 tRNAGly(GCC) 来源片段。此外,qPCR 分析也表明,这些 small RNAs 在缺血后 24 hr,48 hr 和 72 hr 时都显着提高。

为了进一步探究胁迫诱导的 tRNAs 剪切过程,研究人员在缺血条件下对不同时间(D1,D2,D3)的下肢组织进行了检测。结果显示,tRNAVal(CAC) 片段在 D3 和 D7 是增加,而 tRNAGly(GCC) 片段在 D7 时增加。同时,研究人员在缺氧条件下也进行了检测。结果显示,血管内皮细胞,48 h 和 72 h 时,tRNAVal(CAC) 和 tRNAGly(GCC) 来源片段显着增加。该结果表明,缺血和缺氧条件下,血管内皮细胞的 tRNA 会发生剪切,进而影响血管生成过程。

为了探究 tRNAVal(CAC) 和 tRNAGly(GCC) 来源 small RNAs 在血管生成中的作用,研究人员进行外源合成,然后处理血管内皮细胞。结果显示,处理后的细胞增殖受到抑制,迁移能力也减弱,管腔生成受到抑制。因此,tRNAVal(CAC) 和 tRNAGly(GCC) 来源 small RNAs 通过影响细胞增殖,迁移和管腔生成而影响血管生成。

已有研究表明血管生成素(ANG),可以在细胞质中剪切 tRNA.那么,缺氧条件下产生的 tRNA 剪切过程是否也是由血管生成素(ANG)引起?结果显示,在缺氧下,ANG 定位于纸膜颗粒中。通过对内皮细胞 siRNA 敲除 ANG,诱导缺氧分析,研究人员发现在 ANG 下调后,tRNAVal(CAC) 和 tRNAGly(GCC) 来源 small RNAs 显着减少。因此,该结果表明在缺氧下,ANG 会特异性对 tRNA 的剪切。

非编码 RNA 的世界真精彩,负责翻译转运的 tRNA 还有另类角色。该研究从一个全新的角度向我们展示了 tRNA 来源的 small RNA 在诱导胁迫下的功能机制。角度新,证据充分,拓宽了我们的视野,相信大家都会觉得有眼前一亮的感觉。

原文出处:Li Q, Hu B, Hu GW, Chen CY, Niu X, Liu J, Zhou SM, Zhang CQ, Wang Y, Deng ZF. tRNA-Derived Small Non-Coding RNAs in Response to Ischemia Inhibit Angiogenesis. Sci Rep. 2016,6:20850.

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