指纹法 fingerprinting 为蛋白质的蛋白酶分解产物中的各种肽的分析法之一。通常结合纸上层析和滤纸电泳进行二维展开。

　　其目的往往是为了鉴定特定的蛋白质与类似蛋白质间的异同，因指纹是用于个人的鉴别，由此而引出指纹法之名字。因为特定的蛋白质具有其特定的一级结构，其蛋白酶（常用基质特异性高的胰蛋白酶）分解物具有特有的肽组成，经二维展开，在滤纸上可观察到肽斑点的分布状态，原来蛋白质的特性可被表现出来。实际上，这个方法的创始人V．M．Ingram从镰状红血球贫血症患者的血液中得到的血红蛋白S和正常血红蛋白A之间的指纹图上，发现有一个肽斑点不一样，并认为两者的β-多肽链上存在着一个氨基酸残基的变异。在核酸的化学领域里也可以按照同样的原理进行分析。