存在于光合细菌的叶绿素中，与光合作用中光能的吸收和转换有关系。菌绿素 a是红色光合细菌中起主要同化作用的色素，在绿色光合细菌中也有少量存在。菌绿素 b存在于红色假单胞菌属（ Rhodopseudomonas）和荚硫菌属（ Thiocap-sa）的细菌中。菌绿素 a和 b的基本结构是四氢卟吩。菌绿素 c[又称绿硫菌叶绿素 -660（ chlorobium chloro-phyll-660）、菌绿胶（ bacterioviridin） ]和菌绿素 d（绿硫菌叶绿素 -650），与少量菌绿素 a同时存在于绿色的光合细菌中，它们都可各自分成多种结构极近似的成分。菌绿素 c和 d，与茵绿素 a和 b类似，可以看成是二氢卟吩的衍生物，但是前者不能和叶绿醇形成酯、而是和法泥醇（ C₁₅ H₂₅ OH）形成酯。菌绿素的光吸收带，在活细胞中较之在有机溶剂中，更偏向长波长区。例如茵绿素 a在乙醚中主要吸收带在 357.5和 770纳米波长处，而在活细胞中，变成在 380， 890， 870， 850， 800纳米附近表现极大的光吸收。各种起同化作用色素吸收的光能只有通过菌绿素（近红外光区的吸收带在最长波长处的形式）后，才能被利用。