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酵母菌落PCR方法

关键词: 酵母菌落 来源: 

  酵母DNA的提取

  1、x新鲜的菌体中加入150ul(200ul)bufferiI25(30)ul蜗牛酶(30mg/ml),37度,10Min(可以30min水浴,中间隔5分钟,振荡一次,避免细胞沉到管底。

  2、离心10000rmp,10min,去上清,沉淀中加入bufferII250ul

  3、加入25ul,10%SDS。65度,30min水浴。

  4、加入25ul 5mol/lKAC,冰浴60分钟(4度冰箱放置就可以)

  5、12000rmp,15min,取上清,在上清中加入2-3倍体积的无水乙醇,混匀放置-20度一小时(可过夜,取出后不要振荡,直接离心)

  6、12000rmp,15min,弃上清。

  7、150ul,bufferIII溶液沉淀,12000rmp,15min

  8、将上清溶液转到干净的离心管中,加入6ul(10ug/ul),ran酶,37度,30min

  9、加入等体积异丙醇,4度静止10min,10000rmp,5min,溶于50ulbufferIII中

  10、如果有蛋白质可以使用酚氯仿抽提

  11、bufferI:0.9mol/l 山梨醇,0.1mol/l EDTA

  12、bufferII:50mmol/l Tris,20mmol/l EDTA

  13、bufferIII:10mmol/l tris,1mol/l EDTA

  14、筛选AD/BD可以直接使用抗生素筛选的方法

  酵母菌落PCR

  1、酵母质粒和基因组DNAPCR模版的制备

  取对数生长期酵母菌株1.5ml,13000r/min,离心15s,去上清,双蒸水洗涤一次,13000r/min 离心15s,沉淀悬浮于200ulTE缓冲液中,在沸水上煮1-10min,冰浴10min,13000r/min,离心5min,将上清液储存于-20度取1ul用于PCR

  2、从平板上调取长势良好的菌落少许,悬浮于含20ul无菌水的0.5ml eppendofff离心管中(离心管中央预先用注射器针头扎一个小孔,放置盖子因受热膨胀)水浴煮沸0.2.5.10min

  3、利用微波炉快速制备酵母治理以及菌落取直径大于3mm的酵母干菌落,至于EP管中盖上盖子,在微波炉中加热,加入30ulTE振荡,13000r/min,离心2-5min,上清储存浴-20度,取1ul来作PCR

  真菌DNA的提取方法改良

  1、酵母活化后加入YEPD培养基,25-28度培养16-24小时,收集菌体

  2、取少许新鲜的菌体,加入0.6ml缓冲液I(0.9mol/l 山梨醇,0.1mol/l EDTA)1ml。0.1ml蜗牛酶(30mg/ml),37度温浴60min

  3、3000r/min离心10s,去上清,沉淀加入加入bufferII150mmol/l Tris,20mmol/l EDTA 1ml 10%SDS0.1ml65度,30min水浴。

  4、加入0.3ml ,5mol/lKAC冰浴60分钟

  5、10000rmp,15min,取上清,在上清中加入2-3倍体积的无水乙醇,混匀放置-20度一小时(可过夜,取出后不要振荡,直接离心)在5000-6000r/min离心15s

  6、沉淀用0.6ml缓冲液III10mmol/l tris,1mol/l EDTA溶解1000r/min,离心15min

  7、上清液转移一个干净的离心管中,加入6ul10ug/ul),ran酶,37度,30min

  8、加入等体积异丙醇,4度静止10min,10000rmp,5min,溶于50ulbufferIII中

  9、如果有蛋白质可以使用酚氯仿抽提

  后续试验思路

  1、提取酵母DNA

  2、作PCR

  3、筛库的引物(上CTATTCGATGATGAAGATACCCCACCAAACCC

  下:GTGAACTTGCGGGGTTTTTCAGTATCTACGATT

  因为这个引物的TM值很高,所以必须使用二次PCR

  94度,3min,95度,20miao,68度3min,68度7min,15度15min

  修改程序94度,3min,95度,25miao,50度25miao,72度1min30s,72度5min

  4、利用T和B酶切(65度酶切)

  Taq I(AGCT)

  10*Taq I Basal buffer

  0.1%bsa

  PCR产物

  灭菌水

  酶

  BsuRI(GGCC)

  R buffer

  模版

  灭菌水

  酶

  5、分出不同的片断

  6、将DNA转到大肠杆菌中,然后提取质粒,测序或是使用抗生素筛选AMP,得到AD,kana得到BD


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