除了蛋白质组学、生物质谱技术和方法、糖组学、微流控领域的贡献，杨芃原在质谱仪器的研制和人才培养方面做出了长期的卓越贡献。在脉冲离子源-质谱/光谱技术的基础性研究，智能光谱/质谱分析的理论和方法研究方面取得了重要的成果。在九.五期间研制了我国第一台电喷雾离子源高分辨串级飞行时间质谱仪(ESI-Q-TOFMS)，2013年任国家863计划“蛋白质测序装备和相关试剂国产化的关键技术”首席科学家，他的实验室曾研发出Q-TOF、四极杆、离子阱等各种类型的质谱。禾信质谱的创始人周振、厦门质谱的创始人何坚、谱秀科技的创始人徐国宾等曾从师于杨芃原教授，他们分别在TOF类质谱、串联四极杆质谱的产业化方面做出建树。他非常关注当前的质谱仪器国产化项目，不久前曾在《质谱学报》组稿《质谱仪器研制专辑》，集中展示了我国历尽艰辛、持续不懈取得的各种成果。
在推动质谱技术的应用和质谱仪器的研制方面，相信更多的研究者将继承杨芃原教授的遗志，持续不懈地奋勇开拓，为质谱技术的普及应用、质谱仪器的国产化、精准医疗的进步做出更多卓越的贡献。
愿杨老师在天堂安息！