应用LCQ 离子阱质谱仪和Mass Frontier 软件分析药物...（二）
图 3 为三个杂质的推断结构，图 4 为三个杂质测得的同位素分布和推断结构同位素分布的比较，图5 为药物中间体和三个杂质的提取离子色谱图。两个含氯杂质的信号强度是未修饰中间体的0.1％。由于仪器灵敏度和信噪比高，四个化合物可在一次数据相关的二级质谱实验被检测到。动态排除是数据相关采集的又一个特点，低含量成分即使在和高强度成分共同洗脱时，也能够采集其二级质谱数据，这种功能适合低含量杂质分析的要求。
图 3. 推断三个杂质的化学结构为：（a）羟化氯杂质（b）二氢杂质和（c）二氯杂质
图4. 三个杂质（a）羟化氯杂质（b）二氢杂质和（c）二氯杂质的加氢离子的实验和理论同位素分布比较图。左面为实验得到的全扫描同位素分布图，右面为根据给定的元素组成用XcaliburTM 软件中的Isotope Viewer算出的理论同位素分布图。
图 5. 药物中间体和三个杂质的提取离子色谱图，杂质以相对峰面积计算。
如果没有动态排除功能，就采集不到二氢杂质的二级质谱数据，因为与二氢杂质共同洗脱的未修饰中间体的强度更高。在二级质谱数据扫描中，排除列表中包括了m/z 391,392, 和393 的离子，以避免背景离子的二级质谱分析。由于使用数据相关采集数据，就不需要在方法中输入指定二级质谱扫描的母离子质量数。这样就避免了先进行全扫描实验，然后手动查找二级质谱扫描需要的母离子质量数。对于低浓度成分分析，这个过程费时且造成实验失误。图6 中，在与碎裂和机理模块预测结果进行比较前后，Mass Frontier 谱图管理窗口可以显示采集到的药物中间体的二级质谱数据。特别是输入药物中间体化学结构后，软件就使用已知的单分子离解反应模式来预测可能生成的二级质谱碎片离子。然后这些理论预测的二级质谱碎片离子与实验数据进行匹配分析。图6 为程序给出的所有的主要二级质谱碎片峰，证明了碎裂和机理算法对给定化学结构二级质谱预测的有效性。
图 6：（a）药物中间体实验得到的二级质谱图。（b）与理论预测的碎片离子相匹配，其中由Mass Frontier 预测的碎片离子在谱图上以红色标记。
