如何做到快速同时检测各类癌症当中RNA甲基化相关...(四)
3. 多组学联合运用找靶点：转录组测序甲基化测序，双剑合璧
多个表达谱数据取交集找到靶基因
（DOI: 10.1002/hep.29683）
甲基化数据同表达谱数据取交集
（http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.02.01）
1）云序生物推荐MeRIP-seq测序技术对干预和未干预的生物学样品进行m6A甲基化测序，测序结果中会呈现甲基化位点的具体位置和差异甲基化位点的位置。测序结果当中会呈现超甲基化、去甲基化、高表达、低表达的相关基因，而建立这一关系的理论依据是甲基化水平的改变会造成RNA水平的改变。目前RNA甲基化使RNA水平下降是广泛接受的结论，影响方式可以通过降低RNA分子同HuR结合蛋白的结合力而使稳定性下降，也可以通过YTHDF家族蛋白识别并降解RNA的途径使RNA水平减少。是否有RNA甲基化能促进RNA的表达水平？目前还尚没有定论。
4. 灵活展示酶与下游靶基因的关系以及其他功能实验
确定了酶和酶潜在靶基因间的关系。通过整合多篇高分文章的内容，为大家梳理一下思路。
IGV软件上观测到靶基因上存在4处RNA甲基化的区域
（http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.02.01）
1）验证靶基因的甲基化，mRNA和蛋白表达情况
任何高通量测序的结果都需要通过低通量的验证，通过MeRIP-qPCR，qRT-PCR和WB分别验证靶基因的甲基化和表达量情况。其中，若靶基因mRNA的表达量不改变，也不用太担心，因为甲基化修饰可能改变了该基因的蛋白翻译效率，做个WB试试。
RIP实验证实ALKBH5酶与靶基因直接结合
（DOI: 10.1002/hep.29683）
RNA Pull Down实验证实靶基因能与ALKBH5蛋白直接结合
（DOI: 10.1002/hep.29683）
2）RNA甲基化酶是否和靶点基因的mRNA直接结合
通过RIP实验，特异性借助RNA
甲基化酶抗体拉取样本中与其直接结合的RNA，再通过qRT-PCR手段，检测靶基因是否存在于拉取的复合物中，从而决定性的证实甲基化酶与靶基因是直接结合的。相反的，RNA
Pull
Down实验，借助根据靶基因合成的探针，特异性拉取与其结合的蛋白，通过WB手段，检测甲基化酶是否存在于拉取的复合物中。这样一来一往，就能明确两者是直接结合的。
3）解释酶对甲基化靶基因影响的工作原理
从酶入手研究RNA甲基化策略是这类高分文章的主流，上游的酶，下游的靶基因，建立联系一气呵成，根本上解释了甲基化酶、去甲基化酶以及识别蛋白通过靶基因对疾病的调控作用。云序生物提炼的这一思路适用于大部分疾病的RNA甲基化研究探索，RNA甲基化研究这么热，这么新，为什么不尝试用这种方式解释您关心的疾病、表型变化中甲基化所起到的作用呢？
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