质粒的酶切后琼脂糖凝胶电泳检测
最好的酶切结果当然是只有两条条带，如果旁边再跑一个没有酶切的质粒和一个空载（同样的载体但是没有目的片段的质粒）作为对照那会很好说明问题：这两条条带应该是一条很明亮，位置较高（酶切下的线性载体），粗一些，理论上是下面那条比较细的条带（切下的目的片段）的6倍亮度——这个可以根据跑的Marker判断是否为切下的目的片段。
不好的情况会有三条条带——多出的一条很可能是没有酶切完全的，它的位置要比切开的（就是线性的载体）要高，因为跑得慢；不好的情况也有可能只有一条条带——因为酶切不动，如酶不对、反应条件错误等等；有时两条条带也可能是错误的：酶切太差，只切了很小一部分质粒，然后在高位置有两条挨得很近的条带，而切下来的片段由于亮度太弱可能被忽略了。
注意一点是不能以Marker作为对照，用切下的线性载体和没有酶切的质粒或一个空载来比较大小，因为线性DNA和环状的DNA、开口环状的DNA跑的速度不能这样比较；让你加这两个对照是为了说明你切来的粗条带不是还没有经过酶切的质粒，也不是一个空载。
所以说，做切胶回收之前一定要用一点酶切结果来监测酶切效果再跑一块厚胶来回收
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