由于目前市面上还没有疟疾疫苗，所以抗疟药就成了我们对抗疟疾的唯一手段。在ACT方案使用的药物里，最主要的活性成份就是青蒿素这种最初提取自中国传统中药——青蒿(sweet
wormwood)的衍生物。虽然用ACT治疗疟疾的疗效非常明显，但是具体的作用机制还不是非常清楚，而且疟原虫对青蒿素的耐药机制似乎也与它们对其他抗疟药的耐药机制有所不同。而且由于现在缺少一种敏感的实验室检测手段，所以也很难对这种耐药性进行一个定量的评判。现在一般采用的评判标准都是看用药(只使用青蒿素这一种抗疟药)多久之后才能彻底将患者体内的疟原虫杀灭干净，不过其间患者自身的免疫反应也能够起到一定的灭虫作用。
另外，柬埔寨西部地区也是在几十年前发现疟原虫对氯奎(chloroquine)和乙胺嘧啶磺胺(sulfadoxine–pyrimeth
-amine)，即息疟定等抗疟药耐药的地区，这种耐药的疟原虫后来也传播到了世界各地，因为这些抗疟药失效导致了数百万人死亡。由于担心悲剧再度上演，所以世界卫生组织(World
Health Organization)和遏制疟疾伙伴关系组织(Roll Back Malaria
Partnership)的其他成员在2011年启动了全球防止耐青蒿素疟原虫传播项目(Global Plan for Artemisinin Resistance
Containment，GPARC)，详见go.nature.com/jgcpzc。