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克隆经验—帮助新手快速做出克隆-5

2020.9.08

1. 连接产物10μL、5×KCM溶液10μL、双蒸水30μL,(共50μL)混匀,置冰上。

2. 从-70℃冰箱中取 1支感受态细胞,置冰上。融化后立即取50μL,加入步骤1中的混合液中,轻轻吹打数次混匀(不可用力过大,不可涡旋), 立即置冰上。

3. 冰上放置20 分钟。

4. 室温放置10分钟。

5. 加入500μL新鲜LB, 150转37 ℃ 1小时。

6. 6000转/分 5分钟离心收菌。留150μL上清(其余上清丢弃),吹打数次,重悬菌体。

7. 涂板。 37 ℃ 孵箱过夜。

(提示:可使用质粒转化该感受态细菌,检验转化效率。1μL的质粒转化,DH5α菌板满板不可计数;BL21菌板有200-300个菌落。)

小结:

本方法采用简洁的步骤。最有特点的地方是片断回收后收到一个试管中,而不象一般的操作分别收到不同的试管中,回收后再电泳定量,并计算大小片断的比例,最后配置连接体系。

这种简洁的步骤不仅提高效率、避免引入人为的误差(例如肉眼对DNA的定量的误差),还减少了DNA的损失,保证了更多的DNA(实际上是全部的 DNA)进入下面的连接反应。


所以本方法的第一个优点,是保证连接和转化中,有“足够量”的核酸。 连接和转化的核酸量得到保证,克隆 成功就得到保证。

例如本方法中,制作大片断的A质粒取3μL,对于通常的小提质粒,3μL意味者600-1800ng的DNA。一般认为大片段的适当范围是 50-200ng/10μL连接反应。本方法即使在回收过程中损失一半,仍然剩300-900ng。实际上,使用本方法,在片断平移的克隆 中,如果把转化的菌液全部涂板,得到的克隆 多得不可计数;片断平移克隆 实际上只取一半转化菌涂板即可。 PCR接入载体的克隆 效率没有那么高,但是一般也达到40-60转化子/平板。


本方法的另一优点,是这些看起来固定的步骤,例如酶切、酶连、以及转化等方案,实际上已经遵循了很多原则,而且这些步骤之间互相平衡,组成一个很稳定和可操作性很强的系统。

例如起始酶切A质粒和B质粒的量——3μL:7μL,已经隐含了载体:插入片断=1:2~3的比例(PCR克隆 经折算后大概是1:5~10)。即使加上DNA回收中会损失、大片断和小片断回收效率不同、酶切质粒同酶切PCR效率不同等影响因素,最后回收在试管中的大小片断比例仍然可以落在一个合适的范围内。

酶切使用的酶量,是经过计算的。可以保证是采用3-5倍的量切割质粒或PCR片断,因此可以保证酶切反应的效率。

连接反应在4℃下可以达到最大的转化率。实际上对于大多数粘端突出3碱基的酶切位点,18 ℃ 3小时已经足够。

Nucleic Acid Research上登载的感受态菌制备方法,可以得到效果很稳定的感受态细胞。每微克DNA可获得10的八次方个转化子。

因此,这套方法考虑到了克隆 的每个重要环节,并以可靠的手段将这些环节“固定”下来。这套方法对于操作者和试剂带来的波动也有很好的“容错”能力,或者说,它的系统冗余比较大,保证了这套方法极高的成功率。


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