多元变量统计分析平台最新版软件SIMCA16教程详解(三)
为了检验OPLS-DA有无过拟合,进行随机分组200次的置换检验。
VIP数值已导出,按照常规筛选差异物方法VIP>1 P<0.05,那还需要进行Students’t-test分析,获得P值,SIMCA也可以进行相应的分析,具体如下:
首先开启Omics skin功能(File-Options-Simca options-Skins-Enable Omics skin-Yes)。
第二步在Omics skin模式下进行P值的获取。
S-plot图除了常规筛选差异物方法VIP>1 P<0.05,也可以用S-plot来筛选Biomarkers。
截图中Ctr或Par方式下是呈S型的,UV是做出来是直线
功能小贴士
在PCA或OPLS-DA得分图中右击选择Format plot即可对图中的细节进行修改,各个选项的功能如下:
1.Axis选项卡可对横纵坐标轴线条粗细和颜色、标尺字体大小、横纵坐标标题内容、字体和大小等进行修改;
2.Gridlines选项卡可对网格线有无、粗细、颜色等进行修改;
3.Background选项卡可对背景进行修改;
4.Legend选项卡可对图例位置、字体、大小和颜色等进行修改;
5.Limits and regions可对置信区间椭圆线条格式、椭圆内外区域颜色等进行修改;
6.Labels可对图中样本标签名称的字体、大小、颜色、位置和与样本的距离等进行修改;
7.Styles可对图中样本形状和颜色等进行整理修改。
有些老师不想图中显示样本编号,或者样本名称太长,显示不全,可以通过右击Properties-Label types下进行修改。