质谱入门
LC/MS的溶剂及其注意事项
通常根据目标化合物的溶解性和与LCMS中使用的各种电离技术的兼容性选择溶剂。在ESI和其它常压电离技术中，溶剂的挥发性和结合质子的能力很重要。
使用的主要质子溶剂像甲醇与水的混合物，比如1:1的甲醇水，或1:1的乙腈水，甲醇水混合物粘度超过了水或甲醇，因为在混匀时候发生了放热反应。当使用100%的水时，水相对低的蒸汽压可能对灵敏度产生不利。通过添加挥发性有机溶剂，降低表面张力，能提高灵敏度。表面活性剂虽然能增加从喷雾液滴中释放的离子，但因其较高的质子亲和力，可能降低灵敏度。非质子助溶剂，像10% DMSO水溶液和异丙醇，对某些化合物，能提高溶解度。在确保被测物比溶剂更偏碱性的前提下，甲酸通常以较低的水平(0.1%)添加到溶剂中，以便于电离。一些酸，即使是很少量，例如TFA，也可能限制灵敏度，但对增加一些化合物的溶解度可能是必需的。
在ESI电离模式中，缓冲液和盐(Na+，K+和磷酸盐)可降低蒸汽压，导致信号减弱。可以通过使用相对较易挥发的缓冲液，例如由弱酸碱对形成的乙酸铵，来弥补液滴表面张力的增加以及由此导致的挥发性降低。
选择溶剂需要考虑的问题
1、对于比溶剂更偏碱性的分子，气相中的溶剂将限制ESI电离。光电离除外(不是酸碱电离)，但易受溶剂调节。
2、从电离区域去除溶剂和水蒸气，增加在大气压下电离化合物的种类。
3、相对于样品或溶解在液体中的目标被测物减少液体体积，将提高ESI的性能(如，使用较低流速)。
4、使用合适的溶剂，如水、乙腈、甲醇、乙醇、丙醇、异丙醇等
5、使用合适的添加剂，如醋酸、甲酸、氢氧化铵、甲酸铵（盐浓度等于或小于10 mM）、醋酸铵（盐浓度等于或小于10 mM）
6、非挥发性盐，如磷酸盐，硼酸盐，柠檬酸盐等会在离子源沉积，阻塞毛细管，因此需要更多的清洗和维护操作。现代离子源设计，相比以往的设计，能较好地处理非挥发性物质。
7、注意表面活性试剂，表面活性剂、去垢剂能够抑制电喷雾电离的效率。
8、无机酸具有腐蚀性，三氟乙酸(TFA)超过0.01%的水平时，会在一定程度上抑制阳离子电喷雾。大大的抑制了阴离子电喷雾。三乙基胺(TEA)在高PA(232千卡/摩尔)在m/z102处，产生强M+H离子。抑制弱碱性化合物阳离子的电喷雾。四氢呋喃(THF)，100%的THF具有高可燃性，因此APCI和绝大多数接口技术使用氮气作为喷雾气，使用空气可能引起爆炸危险。
离子抑制与化学选择
离子抑制是质谱学家使用ESI作为电离方式时面对的比较多的具体问题之一。2001年，美国食品药品管理局(FDA)出版了工业生物分析有效方法指南，表明确保分析质量的要求是不能妥协的。该条款指明了可用于评估离子抑制是否存在的几个实验方案。将基质提取后加标样品中的被测物的多反应监测(MRM)响应，峰面积或峰高，与直接溶于纯流动相的被测物的多反应监测响应进行对比。基质中被测物的信号比在纯溶剂中的低，表明基质中存在干扰物质。
C.Mallet等发表的文章表明，在色谱图中被测物(和内标物)基质效应的存在。试验人员使用三通装置，将含有目标被测物及其内标物的溶液以连续进样方式引入质谱，将空白基质样品提取物通过LC系统自动进样引入质谱后，连续的基线出现下降，表明连续进样的被测物的电离受到抑制，因为基质中有干扰物质存在。分析柱和直径低于2微米的高选择性颗粒的使用，是色谱柱技术的一项革命性进步。这种化学性质不依赖于可能引起离子抑制的流动相的改性，并且增加了颗粒的选择。
UPLC与传统HPLC
超高压液相色谱通常称为UPLC，北卡罗来纳大学的J．Jorgenson教授的工作实现了这项技术的商业化，UPLC为增加常规LCMS分析的信息量提供了可能。Waters公司对这项技术进行了商业化，称为UPLC技术，或超高效液相色谱，与HPLC相比，UPLC的峰容量增加，对HPLC中形成较宽峰的流出物，可以在UPLC上实现分离。通常条件下，将色谱峰形浓缩成2秒或更短的谱带，为灵敏度的提高提供了可能。
这有利于质谱响应，改善信噪比。UPLC技术的概念改变了传统LC分离实践中建立起来的一些熟知的参数，比如流速、颗粒大小，甚至对范第姆特曲线的理解也改变了。其工作压力从大约2000psi增加到高达20000psi，固定相颗粒直径小于2μm，接近1969年John Knox在其Knox方程式中的理论极限。这也伴随出现了问题，象增大机械压力和过大的热效应等，促进了MS性能的提高，也偏离了对理论结果的检测。
由范第姆特曲线描述的线速度的变化，导致分离效能变化的趋势。由下图可知，1.7μm直径颗粒色谱柱效能更好，且不随流速变化而改变。虽然所有色谱柱的证据表明在极端低线速度下会降低柱效，但是对HPLC我们所熟知的一个事实是，填料直径越小分离性能越好，并且随着线速度的增加，性能较少受到影响。
在现在被称为传统HPLC分离与UPLC分离的比较中，可以认为这是一个关于怎样重新定义实验设计方法的事例。不但在原理上重新定义分离技术，速度快近4倍，而且增强了选择性，揭示了一些常规HPLC无法看清的细节，比如在图中的咪达唑仑的代谢物。提高的分离度显示出葡萄糖苷酸的二次级代谢物，其m/z=548.125。
达唑仑的氧化代谢是由肝脏细胞色素P450蛋白催化的。在上述药物结构式中，代谢氧化即羟基化最可能发生的分子内主要位点已使用红星标出。对咪达唑仑在胆汁中的代谢物，使用HPLC/MS和UPLC/MS比较分析，发现在HPLC上有m/z为548的色谱峰。但在UPLC/MS中，则分离出一对色谱峰，每个峰的准确质量值相同，m/z为548.1248。实测确认这两个代谢物均为葡萄糖苷酸化代谢物。作者给出了完全分离的两种物质准确质量对应的经验分子式，表明咪达唑仑在标示的位点发生双羟化，然后可能在一个位点发生O-甲基化，另一个与葡萄糖醛酸结合。
