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蛋白酶解的首选变性剂——RapiGest SF

2021.3.22

  在生物药肽图分析、蛋白质修饰分析、蛋白质组学研究等诸多工作中,蛋白质的变性与酶解是样品处理的必经之路。RapiGestTM SF正是在这个实验步骤中,用以辅助蛋白酶解的变性试剂[1,2,3]。RapiGest SF有以下优点:

  ■ 综合水相、有机相溶液条件下,最高效的辅助酶解变性剂。

  ■ 作用过程中,不对蛋白造成副反应化学修饰。

  ■ 操作简单、全面适应液质分析方法。

  ■ 常规操作浓度对胰蛋白酶活性无抑制。

  ■ 可大大缩短酶解反应时间。

  ■ 对各种蛋白酶、肽-N糖苷酶等多种酶解过程都适用。

  在蛋白质质谱分析的大部分工作中,常常需要将蛋白质酶解为多肽进行分析。但蛋白质结构是以三维结构的形式存在的,为了将蛋白高级结构内部的酶切位点暴露于蛋白酶的作用下,首先需要对蛋白进行变性,使蛋白舒展开。John R. Yates教授领导的团队对各种变性剂中的辅助酶切效果进行了充分比较,其中RapiGest SF的表现最为(图1)[4]。仔细观察图1还可以发现,在实验结果中,较为常用的尿素辅助酶切效率较差。这是由于尿素对胰蛋白酶活性的抑制作用较大。实验人员有时会采取使用尿素进行蛋白后,将反映溶液稀释10倍,再加入胰蛋白酶的方法,以降低尿素浓度到1M以下,减少其对胰蛋白酶的抑制。但是,面对微量的生物蛋白样本,稀释后的体系,会大幅度降低样品浓度,限制了后续的分析工作。此外,尿素在对蛋白变性的过程中,还会对蛋白进行一定的化学修饰,如氨基甲酰化。副反应的发生对于多肽鉴定、组学水平蛋白定量会造成一定的影响与误差。而使用RapiGest SF无副反应的问题,正常使用浓度下(0.1%)对胰蛋白酶活

  性也无影响(表1)。

  图1. Tris水相缓冲体系下各种变性剂的辅助酶切效果比较。样品为mammalian cell lysate cytoplasmic fraction蛋白。

  不同变性剂对胰蛋白酶活性影响对比

  检测基于胰蛋白酶诱导N-α-苯甲酰-L-精氨酸乙基乙酯(BAEE)水解。将0.5微克胰蛋白酶加入1mL 50mM的碳酸氢铵溶液中(pH 7.9,0.2 mM BAEE)。检测△BAEE在253 nm下的吸收值(5分钟内的斜率)。

  RapiGest SF虽然是一种表面活性剂,但其全面适应液质分析的要求。在使用RapiGest SF作为变性剂完成蛋白酶切后,如果只进行色谱分析,则可无需对RapiGest SF进行处理。如进行液质联用分析,则通过简单的加酸步骤就可将RapiGest SF去除。而酸性溶液环境又恰恰是液质分析所需的样品溶液环境。事实上,RapiGest SF是酸性不稳定表面活性剂,在酸性条件下(pH2)极易水解。RapiGestSF的结构及其水解产物见图2。酸化后RapiGest SF降解为两个产物:2-十二酮和3-羟(2,3-二羟基丙基)丙磺酸钠。前者与水不能互溶,通过离心去除。后者在水溶液中溶解度很高,在反相LC模式下不保留。因此,酶消解后的水溶液可直接进行LC-MS或MALDI-MS分析。

  图3为Ra piGest SF辅助的人单抗酶解的实例。通过BiopharmaLynxTM软件分析,其序列覆盖度为98%。而且LC/MS

  分析中没有发现错误酶切的多肽或完整未被酶切的蛋白。2%序列未发现的原因是由于此部分序列为2个氨基酸的超短肽或单个氨基酸(R或K),其无法在反相柱上保留。

  图 3.LC-MS分析RapiGest SF辅助下的人单抗胰蛋白酶酶解多肽。

  由于其表面活性剂的属性,RapiGest SF可以非常快速地对蛋白完成变性,从而缩短酶解实验时间。图4显示,RapiGest SF辅助下,完全酶解马肌红蛋白只需要5分钟。而由于肌红蛋白属球蛋白,其在不充分变性的情况下将难以酶解。在对照反应中,单纯与胰蛋白酶孵育条件下,即使到9小时后,仍只有少量的蛋白被酶解;而使用了RapiGest SF试剂的体系,酶解效率显著提升。

  图 4.有无RapiGest SF辅助下,马肌红酶解效果对比。

  RapiGest SF自2002年推出以来,已经过10年的使用,它良好的性能被广泛认可,对各种蛋白酶、肽-N糖苷酶

  等多种酶解过程都适用[5]。RapiGest SF已经成为大部分生物质谱科学家的常规必备试剂。


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