如何快速查找LncRNA序列?
查找LncRNA序列的网站有很多,包括Genebank,Ensembl,RefSeq,UCSC数据库等。今天,小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。
一.根据LncRNA来源数据库,进入相应链接。
Genebank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.html
3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/
二.根据“gene_id”查看LncRNA在所属数据库的ID号。
1. Genbank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_id为AK009210。
点击FASTA键,复制获取序列。
2. Ensmbl:http://asia.ensembl.org/index.html
选择物种类别,详见Report-Sequence_Results-Supplementary(可选项)。红框内输入gene_id号,点击GO。假设gene_id为ENSMUSG00000099021。
转到Genbank,复制获取序列。
3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_id为C630043F03Rik。
点击FASTA,获取序列信息。
4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/
Genomes下拉菜单选择参考基因组,一般人类选择hg19,鼠选择mm10。
红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_id为Ivns1abp,点击go。
点击下图的红框。
点击下图的红框。
选择mRNA,复制获取序列信息。