意见指出，明确责任分工。教育部门、财政部门组织实施教育经费统计工作，根据“分级负责、属地管理”和“谁主管、谁审核，谁填报、谁负责”的原则履行教育经费统计职责。各级教育部门主要负责人对教育经费统计组织工作负总责，各教育经费统计调查对象主要负责人对本部门(单位)教育经费统计填报工作负总责。
各级教育部门要严格执行资料采集、数据审核与汇总、情况分析、报表报送以及统计资料归档等工作流程；各教育经费统计调查对象要依法依规履行教育经费统计报表填报义务，对其填报、审核、签署的统计资料的真实性、准确性和完整性负责，并确保统计工作有序开展。有关部门和学校应当按照经批准的统计调查制度及时向本级教育经费统计部门提供教育经费统计所需的资料。
意见强调，提高数据质量。教育经费统计数据必须客观、真实地反映填报单位教育经费收入支出等情况，不得虚报漏报瞒报，确保数据质量。
各地要建立健全教育经费统计数据质量控制制度，明确各环节、各岗位工作责任，实现统计全流程制度化、程序化、规范化，保障统计数据的真实、准确、完整。要建立和完善层层负责、层层把关的统计数据分级审核制度，确保方法科学、审核全面、数据精准；建立与财政财务预决算和事业统计等数据的衔接协调机制，做到源头可控，信息互通；建立健全教育经费统计基本单位名录库，做到应统尽统，不重不漏。