《办法》出台的重要意义主要体现在：
首先，这是深入贯彻落实党的十八大和十八届二中、三中全会精神，实施创新驱动发展战略，发挥市场配置资源的重要作用，促进科技成果转化的重要举措。引导基金采用市场化运作方式，引导和带动金融资本、民间资本、地方政府和其他投资者共同发起设立子基金。子基金充分运用市场规律，发掘科技成果的市场价值和科技企业成长价值，提供增值服务，形成以市场为导向的投融资新模式，促进科技成果资本化、产业化。
其次，这对激励科技创新创业，促进经济结构调整和转型升级，具有重要意义。通过引导子基金投资，可以加速科技成果更好更快地转化为现实生产力，支持科技企业和战略性新兴产业发展，更好地发挥科技对经济社会发展的支撑和引领作用，加快培育形成我国经济发展的新增长点。同时，适应深化财税体制改革要求，创新了财政科技支持方式。将政府引导与市场机制有机结合，建立中央带动地方、财政资金引导民间资金的联动机制，引导社会资本集聚并投向科技成果转化，发挥财政资金“四两拨千斤”的作用。