柯林斯认为，测序技术应用主要面临两大挑战，其一是降低脱氧核糖核酸测序的成本。过去10年中，科学界已在这一领域取得了重大进步。首个人类基因组测序的成本大约为30亿美元。如今，为一个基因组测序的成本约为9500美元。他期待，今后4至5年，成本能降到1000美元或以下。

　　第二个也是更大的挑战是探索一种可行方式，以分析基因组测序带来的海量数据并使成果造福患者。他说：“如果生物学、医学、统计学以及计算机科学界最优秀的人才能齐心协力，我们也能克服这一挑战。”

　　柯林斯表示，他对人类基因组计划实现其潜力“有信心”，因为（基因组研究遵循的）技术第一定律表明，对一个真正的变革性发现而言，其直接效果总被高估，而其长期效果总被低估，“我们从人类基因组测序所了解的，完全证明了定律的正确性”。