qRT-PCR的引物设计注意事项
qRT-PCR有自己的引物标准，简单而言，引物设计要用专门的软件，qpcr引物设计原则包括内参基因与目的基因在内的所有引物Tm值不应相差两度。扩增片段的长度以200-300 bp为宜。除此之外，还需要注意以下法则：
1）用于突变体的基因表达量鉴定时，引物最好设在两个外显子之间，横跨中间的内含子，这样可以避免DNA的污染；
2）用于过表达基因表达量时，需找出该家族所有同源基因并进行比对，并在保守性最差的区域设计引物；
3）用于标记基因检测的引物序列最好来自发表的文献。
除此之外，内参基因的选择也需要稍微走下心。以模式植物拟南芥为例，常用的内参基因Actin2和Actin7虽然在营养组织有稳定的高表达，但在花粉、胚胎及种子部位几乎无表达。因此如果进行组织特异性表达测定时我们应该选择28S，而不是Actin2或Actin7。当然，这些内参基因的引物序列也最好引用自发表的文献。
最后值得注意的是，引物用完后需放入-20℃保存。尽量避免反复冻融，如果多次使用可在第一次溶解好后进行分装。如果在实验过程中出现以前能扩增的基因扩不出的现象，多半是引物降解或部分降解导致的。在实验期间引物解冻后需用涡旋混匀，离心待用。
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