引物设计和探针设计有什么区别
引物设计和探针设计(即荧光探针)有3点不同,相关介绍具体如下:
一、两者的用途不同:
1、引物设计的用途:用于PCR扩增技术。
2、探针设计的用途:用于标记待定的核苷酸片断,用与特异性地、定量地检测核酸的量。
二、两者的实质不同:
1、引物设计的实质:一小段单链DNA或RNA,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。
2、探针设计的实质:在紫外-可见-近红外区有特征荧光,并且其 荧光性质(激发和发射波长、 强度、寿命、 偏振等)可随所处环境的性质,如极性、折射率、粘度等改变而灵敏地改变的一类荧光性分子。
三、两者的原则不同:
1、引物设计的原则:
(1)长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性。
(2)G十C含量:应在40%一60%之间,PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时,其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。
(3)碱基分布的随机性:应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C,否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。
(4)引物自身:不能含有自身互补序列,否则会形成发夹样二级结构。
(5)引物之间:两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基,不然会形成引物二聚体,尤应避免3’端的互补重叠。
(6)上下游引物的互补性:一个引物的3‘末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。
(7)3’末端:如果可能的话,每个引物的3‘末端碱基应为G或C。
(8)引物应当超出限制性内切酶识别位点至少3个核苷酸。
2、探针设计原则:
(1)靶基因的确定:选择检测组共有的基因以避免检测的假阴性(漏检)。
(2)检测片段的确定:选择检测组内的保守(突变少)(避免假阴性)、组间特异的序列(突变多)(避免假阳性)作为引物探针的设计位置。片段长度70-150bp。
(3)引物:长度17-25bp;GC含量30-80%;退火温度(Tm值)58-60℃;避免稳定的引物二聚体(特别是多联检测)及发夹结构(自由能大于-3.5kc/m);序列不能出现连续的G,3’端避免G或C,最后5个碱基内避免两个以上的G或C。
(4)探针:长度20-30bp(Taqman)或16-25bp(MGB);GC含量30-80%;Tm值为68-70℃;避免稳定的二聚体及发夹结构(自由能大于-3.5kc/m);5’端不能是G;位置尽量靠近上游引物;选择波长差异较大(多联检测)或Fam(单联检测)的荧光标记。