挑选基因芯片的小技巧
上一期给大家聊了聊芯片vs RNA-seq哪个好（点我点我），但很多同学可能会发现，市场上的基因芯片有好多种啊，不知从何入手？今天就来818挑选基因芯片的小技巧。一句话—— 看研究目的。
先给大家科普两个词：
基因表达量：检测基因表达量的芯片一般针对某个基因的的所有转录本设计探针，经过对每个探针信号的算法，得到整个基因的表达量，经常听到的表达谱芯片就属于这一种。
转录本表达量：针对每个基因不同转录本设计探针，除了分析基因表达量之外，还可以单独分析每个转录本的表达量（那就可以用来研究大热的可变剪接啦）。据小编所知，目前能做到这一点的，只有Affymetrix的HTA（新一代叫做Clariom）系列的芯片。
那么具体做研究的时候，有哪些选择方案呢？
选择1：大家是想找机制，还是找一个研究的靶标？
机制简单说来就是找变化的信号通路，而目前我们研究的信号通路基本都是由编码基因组成的，因此选择芯片的时候，只需要基因表达谱就可以了。
选择2：找靶标，那是编码基因呢，还是非编码呢？
编码基因同上就好。上一篇文章也提到了，编码基因一直都是研究的主流，因此芯片价格也相对较低，性价比非常高。
但发文章的热点也是可以追一追的，说不定就成了明星（CNS）同款了呢。非编码的话，根据研究的对象主要分为两种miRNA，lncRNA。miRNA因为片段短，会有专门的探针设计方法，常常是独立成一款芯片的。而lncRNA，因为它的机制最终也归结到调控编码基因的表达，因此像Affymetrix之类的生产商就将它和编码RNA放在了一张芯片上，一次性就可以搞定两种，还可以研究它们相互之间的表达调控关系，非常的方便。
lncRNA研究注意点：
人、大小鼠等模式生物，编码基因基本都已经发现了，因此不同厂家的芯片检测的基因是差不多的，就是那么20000多个。但LncRNA相对而言是新东西，近几年成了热点之后才有了一个大爆发，发现了很多新的lncRNA分子，因此选择芯片的时候，一个很重要的问题就是探针设计及注释来源的数据库新不新了，如果还是好几年前的lncRNA芯片，那可能就会错失很多有意思的东西啦。
