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带你解析肿瘤预后模型研究套路

2021.3.10

　　研究背景

　　头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）是全球人类第六大最常见的恶性肿瘤，超过50％的HNSCC确诊患者处于晚期。免疫系统的失衡在以免疫抑制性疾病为特征的HNSCC的发展中起着至关重要的作用。因此，应进一步探索肿瘤免疫微环境（TIME）的调节机制，以确定可精确预测预后及优化免疫疗法的有效生物标志物。

　　N6-甲基腺苷（m6A）是对mRNA的最常见转录后修饰，在转录后调控中起着至关重要的作用。m6A甲基化的表观遗传修饰通过调节相关癌基因或抑制基因的mRNA表达水平来影响肿瘤的发展。肿瘤中m6A甲基化水平主要取决于m6A甲基化调节因子的表达。m6A甲基化与细胞内甲基转移酶（“Writers”）和脱甲基酶（“Erasers”）的表达高度相关，而结合蛋白（“Readers”）通过结合m6A甲基化位点发挥特定作用。

　　研究意义

　　该研究旨在系统地评估HNSCC中m6A

　　相关基因与预后，程序性死亡配体1（PD-L1）和TIME的相关性。通过研究HNSCC中m6A相关基因的表达模式，预后价值以及对TIME的影响，以改善预后风险分层并促进HNSCC患者的治疗决策。

　　研究思路

　　1、HNSCC中m6A

　　相关基因的表达上调作者首先基于TCGA数据库系统研究了HNSCC与相邻正常对之间15个m6A相关基因的表达模式。在HNSCC和正常组织中，m6A相关基因的表达水平具有显著差异。“Writers”（即KIAA1429，METAL3，RBM15，WTAP，ZC3H13和METTL16），“Readers”（即HNRNPC，YTHDC1，YTHDF1，YTHDF2和YTHDF3）和“Erasers”（ALKBH5和FTO）的表达水平在HNSCC组织中显着高于正常邻近组织，表明m6A 相关基因在HNSCC的发展中具有重要的生物学作用。

　　2、基于m6A相关基因的HNSCC亚型分类与临床特征相关分析根据m6A相关基因的表达水平，通过聚类分析，499例HNSCC患者被分为两个亚型，即cluster1（m6A相关基因表达上调）和cluster2（m6A相关基因表达下调）。两种亚型之间的临床病理特征分析发现，cluster2与低的肿瘤WHO分类相关，cluster2的免疫评分高于cluster1。cluster2的总生存期（OS）和无病生存期（DFS）高于cluster1。这些结果表明，由m6A相关基因表达定义的聚类亚型与HNSCC患者的异质性密切相关。

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