小核酶的催化机制
此类核酶催化的都是位点特异性剪切/连接反应，催化机制都涉及到一个被激活的亲核基团对一个磷酸二酯键的进攻，形成五价磷过渡态或半衰期极短的中间物，然后是一个离去的氧。反应的结果是磷酸基团的立体化学发生变化。
这类核酶在催化机制上的差别主要是亲核基团和离去基团的不同。四种小核酶都使用内部紧靠剪切点的一个核苷酸上的2′-OH为亲核基团，去取代剪切点上的磷酸二酯键的5′-O，反应产物为带有2′-3′磷酸二酯键的RNA和一个游离的5′-OH。这样的反应与RNA的碱水解很相似，但核酶催化的是特定位置的单个磷酸二酯键的水解。
除了发夹状核酶以外，其他都需要金属离子协助催化。金属离子的结合位点是高度特异性的，不可以用其他带正电荷的离子代替。
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