与人类的GWAS类似，水稻的GWAS同样需要搭建一个前期的平台。

　　研究团队挑选了栽培稻两大亚种（粳稻和籼稻）的500余份地方品种，测定了它们的全基因组序列，从而构建出一张高密度的水稻单体型图谱。

　　在这张图谱的基础上，研究者对籼稻的14个农艺性状进行了GWAS分析。这些性状包括水稻株型、产量、籽粒品质和生理特征等不同的方面。通过遗传学分析，这些农艺性状相关的候选基因位点得以确定。这些发现为水稻遗传学研究和水稻育种提供了重要的基础数据，并开辟了新的研究途径，是水稻遗传学研究的重要进展。

　　与人类GWAS不同的是，这份水稻GWAS的平台工作为相关领域的科学家提供了一份永久性的资源，这些具备详细基因型图谱的水稻地方品种可供人们在不同年份、不同地点、针对不同农艺性状进行多次考察。将来，人们还可通过有选择性地两两杂交获得需要的后代组合，供水稻遗传学实验及育种工作使用。