m6A文章盘点（一）
19年悄悄的已经将近过半，但RNA甲基化研究马不停歇。单单过去一个半月的时间里高分文章就有十多篇，Nature，Cell子刊均有相关文章发表；造血干细胞分化，癌细胞上皮间质转化，树突细胞活化，心肌细胞肥厚，内源性免疫应答调控都有它的身影。这里小编给大家列举展示几篇最新的m6A RNA甲基化研究成果，来看看这个科研热点是如何在几位大牛课题当中被精彩呈现的，给大家来个RNA m6A甲基化年中盘点。
您是否还在痴迷writer，eraser？是否还在寻求m6A介导降解mRNA？我们首先选择近期最有特色的两例研究和大家分享。发表在核酸研究上的文章“The m6A reader YTHDF1 regulates axon guidance through translational control of Robo3.1 expression”从另一角度揭示甲基化与蛋白翻译之间的关系，一篇Nature Communication上发表的“RNA m6A methylation regulates the epithelial mesenchymal transition of cancer cells and translation of Snail”则强调了不同以往的3’UTR，发生在CDS区的甲基化修饰同样有重要的调控意义。
Article 1： Writer or Eraser？不，这次我们看Reader
是不是看厌了METTL14，METTL3，FTO或者ALKBH5？这次我们看看这篇文章怎么做Reader蛋白。Reader蛋白能够特异性的识别甲基化位点与之结合并发挥生物学功能，虽然对它的关注度远没有甲基化酶（Writer）或者去甲基化酶（Eraser）高，但其实Reader是甲基化位点的直接识别者，它的地位更重要。这篇Nucleic Acid刊登的文章当中明确指出了Reader能够结合一个发生了甲基化修饰的有关轴突导向（Axon Guidance）的重要基因Robo3.1。
1）说来有趣，Robo3.1是一个轴突导向受体，在脊髓联合轴突（spinal commissural axons）的中线交叉过程当中起重要作用。作者在研究轴突外植体生长过程中发现，Robo3.1在交叉后的联合轴突中的下降是依赖于底板（floor plate）进行的，而这种下降主要发生在蛋白水平。
2）为了研究这个蛋白调控背后的秘密，作者率先考虑了YTHDF家族的几个成员，因为这几个蛋白总能通过结合甲基化位点的方式调控mRNA的翻译和稳定性。先看看Robo3.1 mRNA上面是不是有可能发生甲基化修饰，MeRIP-seq高通量测序的数据，SRAMP（预测的结果），MeRIP-pcr三种方式共同帮助研究确定发生在靶基因Robo 3.1上的甲基化位点。这里给出的启示是，如何证明一个RNA分子上面的甲基化修饰确实存在? 三步走，先MeRIP甲基化测序确定甲基化潜在区域，再SRAMP工具预测甲基化位点可信度是否，最后MeRIP-PCR验证加突变验证，这样一个流程能够充分说明甲基化的区域真实存在。
3）针对YTHDF1的RIP-pcr显示，YTHDF1可以通过识别甲基化位点的方式和Robo3.1 mRNA结合，并且在对甲基化位点突变以后，结合信号消失，说明YTHDF1确实能够识别Robo3.1甲基化位点。而恰巧YTHDF1的重要作用之一就是能够提高mRNA的翻译效率，再共转Robo3.1和YTHDF1以及甲基化位点突变的Robo3.1质粒之后发现，YTHDF1通过对m6A位点的集合从而促进蛋白翻译的效果非常明显。最后文章中所呈现的Robo3.1依赖于基底的蛋白改变，其实是因为基底改变了YTHDF1从而调控Robo3.1的蛋白表达。
Article 2： 3’UTR？不，这次是CDS更重要
您是否想过m6A修饰到底在mRNA哪个位置更重要？还记得大牛何川老师研究胶质瘤干细胞当中Foxm1甲基化的文章吗？ALKBH5在胶质瘤样本当中高表达，而ALKBH5正是调控pre-Foxm1位于3’UTR区域的一个甲基化位点来影响Foxm1 mRNA的稳定性。
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