质粒纯度不高的原因
1 ) 混有蛋白：
不要使用过多菌体。溶液P1、P2、P3 处理并离心后溶液应为澄清的，如果还混有微小蛋白悬浮物，可再次离心去除后再进行下一步骤。
2 ) 混有 RNA ：
RNase A处理不彻底，请减少菌体用量或加入溶液P3之后室温放置一段时间。如果溶液P1已保存6 个月以上，请在溶液P1中添加RNase A。
3 ) 混有基因组 DNA ：
加入溶液P2和P3后应温和混匀，如果剧烈振荡，可能把基因组DNA剪切成碎片从而混杂在质粒中。如果加入溶液P2后过于粘稠，无法温和混匀，请减少菌体用量。细菌培养时间过长会导致细胞和DNA的降解，不要超过16h。
4 ) 质粒的二聚体和多聚体形式：
质粒复制过程中形成的，与宿主菌相关，电泳可检测出。
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