目前，人们所了解的NMD主要有两大作用。第一，NMD可作为帮助细胞清除错误性信使RNA(mRNA)的质控机制，这种分子负责将遗传学信息转化为生命所需的蛋白质。第二，NMD能降解特定群体的正常mRNA。NMD的第二种功能被认为具有重要的生理学意义，但迄今为止人们还不确定事实是否如此。
Wilkinson及其同事发现，UPF1可以作为分子开关，决定未成熟的(无功能)神经细胞何时分化成为有功能的神经元。UPF1蛋白能够触发特定mRNA的降解，这种mRNA编码TGF-Beta信号通路中的一种蛋白，该通路可促进神经元的分化。这种mRNA被降解后，其编码蛋白就无法合成，从而阻止神经细胞的分化。就这样Wilkinson及其同事首次鉴定了，NMD驱动正常生物学反应的分子回路。
研究显示，NMD还能促使细胞降解编码增殖抑制子的mRNA。Wilkinson指出，NMD能在此基础上促进干细胞特征性的增殖状态。