Nature子刊：最大规模的全基因组肺癌易感性研究
在一项由多国研究人员组成的国际研究组项目中，研究人员利用OncoArray基因分型平台，完成了最大规模的全基因组肺癌易感性研究，从中发现了一些新的癌症易感位点。这一研究成果公布在6月12日的Nature Genetics杂志上。
肺癌是全世界发病率和死亡率最高的癌症之一。每年有超过500万例新发肺癌病例，其中85%属于非小细胞肺癌。这种类型的肺癌主要是由两个亚型代表：肺腺癌和肺鳞状细胞癌。它们可能起源于不同的环境因素或生物过程，但吸烟并不总是主要原因，研究证明肺癌的遗传率约为18％。之前的全基因组关联研究发现了几种肺癌易感基因座，但其中大部分的遗传性仍然无法解释。这项最新研究重新分析了肺癌病例和对照组的基因分型。
这项研究由Norris Cotton癌症中心的Christopher Amos博士，国际癌症研究机构的James McKay博士，以及多伦多大学的Rayjean Hung博士领导完成。涉及样品包括14,803个肺癌样品和12262个已有数据的欧洲人对照样品，总共有29266个样品和56,450个对照。
从中研究人员确定了18个具有全基因组意义的易感基因位点，其中有10个是之前从未发现过的。这些新的基因位点凸显了肺癌亚型：肺腺癌和肺鳞状细胞癌易感模式的显著变化——4个与整体肺癌相关，6个位点与肺腺癌相关。研究人员也发现了与端粒功能相关的几个基因，它们在肺腺癌易感风险中扮演了重要的角色，但是对肺鳞状细胞癌易感风险并无显著影响。
Amos表示：“这项研究中最令人兴奋的是影响肺癌的新基因发现。研究为分析肺癌患病风险提供了新的见解，而且特别重要的是我们发现了几个影响端粒功能的新突变，也会影响肺腺癌易感风险。同时我们也发现了烟碱受基的一种亚基周围出现了突变，这种亚基能影响肺癌患病风险，吸烟习惯，而且似乎在小脑中起重要作用，后者很少涉及成瘾行为的影响。”
未来通过进一步的研究将更好地了解靶基因在影响肺癌风险，吸烟行为和吸烟对脑生物学影响方面的作用。
除此之外，近期Nature Genetics杂志也在肺癌细胞中发现了一些新的驱动突变（driver mutations），可能用于基因靶向治疗和免疫治疗。
研究人员检查了来自于两种最常见肺癌类型的1144个基因组分析谱：肺腺癌和肺鳞状细胞癌。这项研究的高度统计显著性，可让研究人员能够识别影响几个蛋白质（负责细胞中的信号）的新型驱动突变。在这项研究中，科学家使用统计方法，来区分驱动突变和所谓的过客突变（passenger mutations），这些突变发生在癌症的发展过程中，但不会引发肿瘤生长。
总的来说，科学家们在肺腺癌中发现了38个显著突变的基因，在肺鳞状细胞癌中发现了20个突变的基因。然而，只有6个突变基因在这两种类型肿瘤之间是共享的，从而表明，尽管这两种类型肿瘤出现在相同的器官，但是它们相互之间的区别很明显。所确定的基因组突变与其他19种癌症类型对比发现，与肺腺癌相比，肺鳞状细胞癌更类似于头颈部肿瘤和一小部分膀胱癌。
另外，这项研究在大多数的肺癌病例中，还确定了几个预测的新表位（neoepitopes）——可能被免疫系统识别的蛋白质片段，并作为标记来识别和对抗癌症。因此，47%的肺腺癌和53%的肺鳞状细胞癌样本具有至少5个预测的neoepitopes，从而指出了一种免疫疗法——这种类型的治疗旨在利用病人自身的免疫系统。
