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自动化的微流控芯片系统在单细胞中检测MicroRNA的异质性2

2020.6.22

图3. 分析:单个iPS细胞及其NPC后裔

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(A) 对数据进行非监督式聚类分析可以清楚的区别开iPS细胞及使用小分子从iPS获得的NPC后裔1. 同时揭示了每种细胞中的亚群。

(B) PCA清楚的揭示了这两种表型不同的细胞群之间的差异。

(C) Violin Plot显示了不同亚群中miRNA 的差异性表达,以及主成分1和2的主要贡献者(左上至右下的顺序)。iPS和NPC之间5种miRNA的表达变化,和使用microassay从胚胎干细胞(ES)及其NPC后裔得到的趋势相同(未发表数据,Yao Shuyuan友情提供)。

 

图4. 人类神经元,iPS和NPC细胞

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(A) 对从iPS,NPC和成熟神经元(HN)获得的数据进行非监督式聚类分析,可以清楚的将HN细胞从iPS和NPC细胞区分开,同时也揭示了每类细胞中存在的亚群。miR-9更频繁且更高水平的在成熟神经元(HN)中表达。

(B) 根据miRNA表达,PCA可以清楚的区分这三类细胞。miR-20a,19b,17,和106a在HN中表达水平较低,符合基于神经分化和衰老数据的预期2,3


图5. 不同传代数的胚胎成纤维细胞
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(A)  对从两个不同传代数(P13和P24)获得的BJ胚胎成纤维细胞得到的数据进行非监督式聚类分析,虽然可以揭示不同细胞间miRNA表达类型的不同,却无法区分这两种群体。

(B)  对从P13和P24细胞得到的miRNA表达数据进行PCA分析,进一步确认无法根据miRNA表达区分这两群细胞。

(C)  当传代数相距更远(P7 对P24),对miRNA数据(热图未显示)进行PCA分析可以区别他们。


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