DNA琼脂糖凝胶电泳（agarose gel electrophoresis）分析
一、原理
琼脂糖凝胶具有分子筛效应。在中性ppH值的电泳缓冲液体系中，DNA分子由于带负电荷，所以在电场作用下由负极向正极泳动。由于DNA分子的大小和构型不同，在相同的时间内迁移至不同的位置。凝胶经溴化乙锭染色后，紫外检测仪下观察，即可看见DNA片段按大小不同呈条带分布。由于在一定条件下，DNA的迁移率与分了量的对数值成反比，所以通过与已知分子量的标准DNA片段进行比较，即可知道未知DNA片段的大小。琼脂糖凝胶电泳分析还可用于DNA酶切分析、纯度鉴定、分离纯化、Southern杂交等。
二、目的
了解pDNA琼脂糖凝胶电泳原理与用途，掌握DNA琼脂糖凝胶电泳的基本操作方法。
三、材料、试剂和器材
1、pDNA样品。
2、琼脂糖。
3、p10×TBE缓冲液：0.9M Tris-硼酸，0.02M EDTA(pH 8.0)。
4、溴化乙锭储备液：p10mg/ml水溶液。
5、上样缓冲液：p0.25%溴酚蓝，40％（W/V）蔗糖水溶液。
6、标准pDNA分子。
7、电泳槽、电泳仪、紫外检测仪、微量加样枪、石蜡膜。
四、操作步骤
1、琼脂糖凝胶液配制
称取p1克琼脂糖，置于干净的三角瓶中，加入100ml 1×TBE缓冲液，在沸水浴或微波炉中加热，使之彻底融化。之后，加入5ul EB储备液混合（终浓度0.5pmg/ml），即制成1％的琼脂糖溶液。
2、凝胶板模具的准备
将电泳装置所配备的塑料盘两端的开口用胶布或透明胶带封住，或取一适当大小干净干燥的长方形玻璃板，用胶布或透明胶带封住边缘，作成槽状，水平地放在桌面上。在胶模的一端放上样品梳，距底板p0.5-1mm，以便加入琼脂糖后形成完好的加样孔。
3、凝胶板的制备
将上述琼脂糖溶液放在室温下，待温度下降至p60℃时，倒在凝胶板模具上，室温放置0.5-1小时。待琼脂糖彻底凝固后，轻轻拔出样品梳，撕去凝胶板模具两端（或四周）的胶带。
4、加样
将凝胶连同塑料盘或玻璃板一起放置到电泳槽中，加入p1×TBE缓冲液，使缓冲液淹过凝胶表面约1mm。再于电泳缓冲液中加入一定量的EB储备液混匀（终浓度为0.5pmg/ml）。用微量加样品吸取0.5-1ppmg
DNA样品，按一定比例（体积/体积）加入上样缓冲液（上样缓液：DNA样品＝1：5）。混合后吸取10－20pml小心地加到凝胶板上的加样孔中。按同样的方法在附近的加样孔中加入已知分子量的标准DNA，作为参照。
5、电泳与观察
加样的一端接负极，另一端接正极。以p5V/cm电压电泳2－3小时。当指示剂泳动到距凝胶前沿约1厘米的位置时，停止电泳。带上手套将凝胶板取出，直接置于紫外分析仪下观察和照相。在凝胶板上DNA按大小聚集成狭窄的谱带，并显示橙黄色荧光。通过与标准DNA比较即可估计待测DNA分子量的大小。
植物总pDNA呈现一条迁移率很小的，整齐的谱带，质粒DNA呈现三条不同构型的条带。溴酚兰带前出现弥散荧光，说明DNA样品中存在RNA杂质。
