薄层色谱扫描仪的分析误差
薄层分析的误差包括三个方面：点样误差、展开误差、定位误差和检测误差。
采用自动点样器，误差可控制在0.5%，熟练的分析人员用毛细管点样，误差小于1.0%，若用微量进样器，误差会大一些。
展开误差来自铺板的均匀性和样品展开效果，若采用预制的高效薄层板，误差会明显降低，采用双波长锯齿扫描，也能有效降低展开误差。
定位误差值斑点的位置和大小判定，扩散、脱尾等易产生定位误差。检测误差来自光源的稳定性、光检测器的稳定性以及样品对光吸收（或荧光产生）的线性度等方面。为减少这些误差，需要非常精密的机电系统，这也直接导致产品高昂的价格。
通常情况下，薄层扫描分析的误差在3%以下。
薄层数码成像分析仪
薄层数码成像分析技术是利用数码成像设备获得薄层板上各点的光强度信息，之后对获得图像进行分析的薄层分析技术。数码成像设备包括两种：照相机和扫描仪（由于数码扫描仪采用逐行成像技术，为便于区分传统薄层扫描仪的逐点扫描，将数码扫描仪称为逐行扫描仪）。
和传统薄层扫描一样，照相机或逐行扫描仪都具有光检测系统，它们都是将光量线性转化为电信号的元件。不同的是，照相机和逐行扫描仪可进一步将电信号转换成电脑图像，图像中单个点（像素）的颜色深浅反映了光的强弱。
因此，薄层数码成像更接近人眼观察检测，结果更直观，因此非常适合鉴别，特别是中药指纹图谱的识别。
数码成像仪不仅能完成普通白光照射下的成像分析，再装配254nm或365nm紫外灯后，也可以检测特异荧光，特异荧光检测。
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