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关于siRNA的体外制备的介绍

2023.3.27

  1、化学合成siRNA

  合成siRNA应用广泛,这种方法的得率和纯度都比较高。对合成siRNA还可以进行一系列化学修饰以提高siRNA的稳定性、降低脱靶效应,以及(或者)阻止激活天然免疫反应。多家公司,包括Ambion、Thermo Scientific Dharmacon、QIAGEN和Sigma-Aldrich Proligo等都能提供高质量的合成siRNA。在用于细胞之前,合成的正义和反义siRNA需在体外复性形成双链siRNA(方案1)。

  2、利用酶学反应从长链dsRNA生成siRNA

  利用重组Dicer酶或者细菌RNase Ⅲ对体外转录获得的长链dsRNA进行酶学消化也可以获得双链siRNA(Yang et al. 2002)。与合成siRNA相比,对长链dsRNA酶消化可以生成不同种类的siRNA,提高了生成功能性siRNA的可能性。然而,体外酶学反应生成siRNA的主要不足之处在于:这些siRNA在使用时不易选择对照。理论上,对照siRNA不应该与实验siRNA具备相同的种子序列。由于体外酶切生成的确切siRNA无从得知,那么也就无法选择精确的对照,因此,无法区分究竟是既定靶标mRNA还是脱靶基因的特定表型表达发生下调。

  3、体外转录

  利用合成的、含有噬菌体启动子的DNA寡核苷酸模板,经体外转录可以生成siRNA。通常,这一方法通过核酸酶或者核酶消化,确保产物拥有确定的末端以及(或者)5’端单磷酸或者羟基末端。这一方式能够以较低成本快速生成多个不同siRNA,但是风险主要存在于污染的三磷酸RNA会触发天然免疫反应(Kimet al. 2004)。

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